余啓元(1543年—?),字伯貞,直隸徽州府婺源縣人,明朝政治人物。
隆慶元年(1567年)丁卯科應天府鄉試第七十五名,會試第五十九名,萬曆二年(1574年)登甲戌科進士第三甲第一百二十八名[1][2][3]。授任丘县知县。
曾祖父余炅;祖父余垠;父余純質。母宋氏。具慶下[4]。
《天一閣藏明代科舉錄選刊.登科錄》之《萬曆二年甲戌科登科錄》