Sau khi hoàn tất huấn luyện tại Puget Sound, Matanikau lên đường đi San Diego vào ngày 25 tháng 7 năm 1944, nơi nó đón lên tàu 191 hành khách quân sự cùng 56 máy bay trước khi lên đường vào ngày 1 tháng 8 cho chuyến đi vận chuyển đồng thời chạy thử máy đến Nam Thái Bình Dương. Chiếc tàu sân bay ghé qua Espiritu Santo và Finschhafen, rồi đi đến đảo Manus thuộc quần đảo Admiralty vào ngày 23 tháng 8. Chất dỡ số máy bay thay thế và tiễn hành khách tại đây, nó lại vận chuyển 112 thủy thủ và 41 máy bay bị hư hại quay trở về vùng bờ Tây, về đến San Diego vào ngày 19 tháng 9.
Matanikau đón lên tàu Liên đội Hỗn hợp VC-93 vào ngày 14 tháng 10, và bắt đầu làm nhiệm vụ huấn luyện chuẩn nhận tàu sân bay cho phi công và các đội bay. Nó hoạt động dọc theo vùng bờ Tây, và từ tháng 1 đến tháng 6 năm 1945 đã chuẩn nhận 1.332 phi công, thực hiện 12.762 lượt hạ cánh trên sàn đáp của nó. Chỉ riêng trong ngày 25 tháng 5, máy bay tiêm kích và máy bay ném bom-ngư lôi thuộc các phi đội CVS-454 và CVS-321 Thủy quân Lục chiến đã thực hiện 602 lượt hạ cánh vào ban ngày, số lượt hạ cánh lớn nhất từng thực hiện trên một tàu sân bay.
Matanikau lên đường quay trở về Hoa Kỳ vào ngày 9 tháng 1, và về đến cảng San Diego vào ngày 29 tháng 1. Nó lên đường đi Tacoma, Washington từ ngày 1 đến ngày 5 tháng 2, nơi nó ở lại trong tám tháng tiếp theo trong trạng thái không hoạt động. Con tàu được cho xuất biên chế vào ngày 11 tháng 10 năm 1946 và đưa về Hạm đội Dự bị Thái Bình Dương. Đang khi neo đậu tại Tacoma, nó được xếp lại lớp thành CVHE-101 vào ngày 15 tháng 6 năm 1955, rồi thành AKV-36 vào ngày 7 tháng 5 năm 1959. Tên nó được cho rút khỏi danh sách Đăng bạ Hải quân vào ngày 1 tháng 4 năm 1960, và con tàu được bán cho hãng Jacq. Pierot, Jr. & Sons tại New York để tháo dỡ vào ngày 27 tháng 7 năm 1960.