Його батьки були членами секти «Діти Бога» і займалися місіонерством, мандруючи Південною Америкою. В 1978 році батьки вийшли з секти і перебралися до Флориди, змінивши прізвище на Фенікс. Мати Хоакіна влаштувалася на роботу в NBC у відділ кастингу. Їх діти почали зніматися в рекламі та телесеріалах. Першу телевізійну роль Фенікс зіграв у 1982 році, в ліричній комедії «Сім наречених для семи братів» разом із старшим братом Рівером.
Справжнього визнання Хоакін Фенікс досягнув, зігравши Джонні Кеша в фільмі «Переступити межу» в 2005 році. За цю роль він отримав премію «Золотий глобус» за найкращу чоловічу роль у комедії або мюзиклі та був номінований на «Оскар» як найкращий актор.
У 2020 році отримав премію «Оскар» за найкращу чоловічу роль у фільмі «Джокер».
Хоакін Фенікс відомий у середовищі захисників природи і регулярно з'являється на екологічних мітингах. У грудні 2019 року визнаний «Людиною року» за версією американської зоозахисної організації PETA.[6] У 2020 році за його зоозахисну діяльність на його честь названо новий вид павуків Loureedia phoenixi.[7]
У 2020 вперше на церемоніях Золотий глобус та Оскар гостей пригощали переважно веганською та вегетаріанською їжею. На це дуже вплинув Хоакін Фенікс та ще кілька відомих акторів-веганів.[8][9][10] Хоакін закликав й інші церемонії наслідувати їх приклад.[11]
10 січня 2020 року його затримала поліція під час акції протесту проти кліматичних змін (Fire Drill Fridays), яку організувала акторка й активістка Джейн Фонда у Вашингтоні. Актор виступив на заході з промовою про вплив м'ясної й молочної промисловості на зміну клімату. Усього було затримано близько 150 осіб, серед яких інший відомий актор і режисер Мартін Шин.[12]