Маркос Рохо — вихованець клубу «Естудьянтес», в якому виступав за всі юнацькі команди[1]. З 2008 року він став виступати за основний склад «Естудьянтес», дебютувавши 7 грудня у грі з «Колоном», де провів на полі 10 хвилин[2]. 5 липня 2009 року Рохо забив свій перший м'яч у професійній кар'єрі, вразивши ворота «Рівер Плейта» і принісши перемогу своїй команді з рахунком 2:1[3] . У тому ж році футболіст виграв з клубом Кубок Лібертадорес. У тому ж сезоні футболіст брав участь в Клубному чемпіонаті світу, де «Естудьянтес» дійшов до фіналу, програвши «Барселоні». З весни 2009 року футболіст став гравцем основи «Естудьянтес» і лідером команди[4]. У 2010 році Рохо через травми в клубі, перебудувалася зі схеми 4-4-2 на 3-5-1-1, був переведений з центру захисту на лівий фланг оборони, де до середини сезону посів тверде місце в стартовому складі команди. 25 серпня 2010 Рохо забив перший м'яч за клуб в континентальному турнірі, вразивши ворота «ЛДУ Кіто» у Рекопа Південної Америки, проте його клуб програв 1:2. 25 вересня Рохо вперше відзначився в чемпіонаті Аргентини 2010 року, забивши гол на 88-й хвилині гри з «Бока Хуніорс» і принісши перемогу своїй команді з рахунком 1:0[5][6]. 2010 року Рохо у складі «Естудьянтес» виграв апертуру чемпіонату Аргентини[7], у розіграші якої провів 19 ігор і забив 2 голи. Сам аргентинець був визнаний найкращим лівим захисником сезону за версією Canchallena.com[8]. Після матчу, в якому він став чемпіоном, аргентинець сказав:
Я буду сумувати за «Естудьянтесом», оскільки провів у цьому клубі 10 років. Я отримав велике задоволення в недільному матчі за мою команду, адже ми стали чемпіонами країни. Але одночасно мені було трохи сумно, оскільки я розумів, що це прощальний матч у складі «Естудьянтес» [9].
3 листопада 2010 року Рохо досяг домовленості про те, що в разі успішного медичного обстеження стане гравцем московського«Спартака»[10] за 3[9] або 4 млн доларів[11][12]. Також на футболіста претендував інший російський клуб — ЦСКА, а крім того, «Палермо»[13], «ПСВ Ейндховен»[14], «Бенфіка»[2] і «Валенсія»[15]. За словами спортивного директора «червоно-білих» Дмитра Попова, «прихід Рохо означає тільки те, що зараз у нас три центральні захисники, а з наступного сезону буде чотири, причому, один з них — молодий і перспективний футболіст із Аргентини. По-моєму, це дуже навіть непоганий варіант. Рохо — лівий центральний захисник, і „Спартаку“ він потрібен саме в цій якості»[16]. Одночасно зі «Спартаком» Маркосом зацікавився «Наполі», що запропонував 4 млн євро за перехід футболіста[17].
«Спартак»
17 грудня Рохо уклав 5-річний контракт зі «Спартаком»[18][19]. 18 січня 2011 року Маркос дебютував у складі клубу в товариській грі з кишинівською«Дачією»[20]. 18 лютого Рохо дебютував в офіційній грі за «Спартак» в матчі Ліги Європи проти швейцарського«Базеля»; в цій грі" червоно-білі перемогли з рахунком 3:2[21]. З перших матчів Маркос став основним гравцем центру оборони «червоно-білих», виступаючи поперемінно з Мареком Сухі[22] та Олександром Шешуковим[23]. 20 квітня Маркос забив перший гол за «Спартак», вразивши ворота «Краснодара» в Кубку Росії[24]. В середині весни-початку літа Рохо не виступав за «Спартак» через респіраторну вірусну інфекцію[25], а потім через травми литкового м'яза[26] та привідного м'яза стегна[27].
У липні Маркос був оштрафований клубом на 50 % місячної зарплати, за те, що разом з партнером по команді, Ніколасом Парехою повернувся в клуб після участі в Кубку Америки пізніше визначеного терміну[28]. Самі футболісти сказали, що в аеропорту не було квитків в Росію[29], однак пізніше повністю визнали свою провину[30]. 7 серпня, вперше за довгий час, Рохо вийшов на місце центрального захисника в стартовому складі команди в матчі з «Тереком» та зіграв невдало: зокрема він дозволив себе обіграти Шамілю Асільдарову, після чого був забитий перший м'яч, а потім на ньому був зароблений пенальті[31]. На наступну гру Маркос був переведений до дублюючого складу «Спартака»[32]. За решту сезону Рохо провів лише кілька матчів; в листопаді він отримав травму гомілкостопу та вибув з ладу на місяць[33].
У листопаді Рохо зацікавилася «Бенфіка»[34]. Влітку 2012 року португальський клуб знову почав переговори з гравцем[35], проте усі перемовини так і не завершились успіхом.
«Спортінг»
20 липня 2012 року офіційний сайт «Спартака» повідомив, що Рохо продовжить свою кар'єру в лісабонському«Спортінгу»[36]. Контракт був підписаний до 2016 року[37]. За 25 % прав на контракт аргентинця «Спортінг» заплатив 1 млн євро[38]. 28 квітня 2013 року Маркос забив свій перший гол у складі «левів», вразивши ворота «Насьоналя» в рамках Ліги Сагреш та принісши перемогу клубу з рахунком 2:1[39].
«Манчестер Юнайтед»
19 серпня 2014 року було оголошено про укладення угоди між «Спортінгом» та англійським «Манчестер Юнайтедом» про трансфер захисника[40]. 20 серпня трансфер був завершений: Рохо підписав з англійським клубом п'ятирічний контракт, а сума трансферу склала 16 млн фунтів[41], 4 млн євро з цієї суми отримав «Спартак»[42].
Основним захисником манчестерського клубу не став, але регулярно використовувався в ротації оборонної лінії команди. З березня по листопад 2017 року перебував поза грою, відновлюючись від травми.
У травні 2011 року Маркос, разом з партнером по команді, Ніколасом Парехою, був запрошений для участі в складі збірної на Кубку Америки[46]. На турнірі футболіст дебютував у першому матчі, в якому аргентинці зіграли внічию з болівійцями 1:1; сам захисник провів на полі всі 90 хвилин, а також взяв участь в забитому голі, зробивши навіс з флангу на Ніколаса Бурдіссо, який скинув м'яч Серхіо Агуеро, після чого той вразив ворота[47]. Однак цей матч став єдиним для захисника на турнірі, де аргентинці дійшли лише до стадії чвертьфіналу[48].
У червні 2014 року Рохо був включений в заявку збірної Аргентини на чемпіонат світу в Бразилії. На мундіалі дебютував у першому матчі проти збірної Боснії і Герцеговини на Маракані. Рохо відіграв повний матч, а аргентинці перемогли 2:1. У третьому матчі групового команди Рохо забив свій перший гол в футболці національної збірної, який став вирішальним у матчі проти збірної Нігерії (3:2). Всього на турнірі зіграв у шести матчах, в тому числі і в програному німцям фіналі (0:1 д.ч.).
Згодом взяв участь ще у двох Кубках Америки — у 2015 і 2016 роках, на обох турнірах аргентинці сягнули фіналів, в яких обидва рази зазнали прикрих поразок від збірної Чилі у серіях післяматчевих пенальті після нульових нічиїх в основний і додатковий час. На першому турнірі відіграв у всіх шести іграх, виходячи на поле у стартовому складі, у півфінальній грі посприяв розгрому парагвайців з рахунком 6:1, забивши свій другий гол у формі національної команди. На континентальній першості 2016 року також був основним захисником, пропустив лише одну гру групового етапу. У фінальній грі турніру проти збірної Чилі наприкінці першого тайму отримав пряму червону картку, що не дозволило його команді сповна скористатися чисельною перевагою, яка виникла після вилучення чилійця Марсело Діаса 15-ма хвилинами раніше.