Професійний статус з 22 лютого 2008 року. Ініціатором створення та власником клубу є Сергій Галицький. У лютому 2009 року «Краснодар» успішно пройшов ліцензування ПФЛ, отримав професійний статус та право виступати у другому дивізіоні.
У грудні 2010 року керіництво «Краснодару» підписало контракт з відомим сербським тренером Славолюбом Мусліним. У січні 2011 року клуб підсилився гравцями, які вже мали досвід виступів у РПЛ. А 25 січня клуб офіційно зайняв місце у Прем'єр-лізі замість «Сатурна», який відмовився від виступів у вищому дивізіоні. Так за 3 роки клуб подолав шлях від створення до виходу у Прем'єр-лігу.
