Жене придбав свою першу камеру у сімнадцятирічному віці і знімав короткометражні фільми, навчаючись анімації у «Сінематіон Студіос». Режисерської освіти не отримав.
Першим значним фільмом Жене і Каро стала повнометражна картина «Делікатеси» (Delacatessen, 1991). Це чорна комедія, дія якої відбувається в охопленому голодом пост-апокаліптичному світі. Люди, що винаймають квартири над магазином делікатесів, змушені розплачуватись з м'ясником і одночасно власником квартир собою.
Наступною картиною стало «Місто загублених дітей» (Le cite des enfants perdus, 1995) — похмурий, багаторівневий фентезійний фільм, зі складним переплетеним сюжетом про лікаря, який викрадає дітей, щоб відібрати у них їхні сни. Жене і Каро працювали над фільмом понад 10 років.
Після «Чужого» Жене повернувся працювати у Францію. Робота в Голівуді дала йому можливість зняти його наступний проект — фільм «Амелі» (Amélie) за участю Одрі Тоту та Матьє Кассовіца. «Амелі» легший і більш романтичнийфільм за попередні, імовірно через мінімальну участь у його створенні Марка Каро. Це історія про дівчину, що захоплюється творенням хороших справ і послуг людям, але не може знайти свого власного кохання. Картина здобула значний комерційний успіх й одночасно визнання критиків, була висунута у кількох номінаціях «Оскара». За цей фільм Жан-П'єр Жене отримав нагороду європейської кіноакадемії як «найкращий режисер».
Фільми Жене вирізняються їхньої кольоровою гамою, де переважають тони сепії, а також насичені червоний, жовтий, синій та зеленийкольори. Це створює чуттєву та по-своєрідному фантастичну атмосферу.
Для своїх фільмів Жене підбирає акторів з незвичними обличчями та часто використовує ширококутові лінзи для викривлення людських рис і поз. Дуже часто використовується ретельно продуманий рух камери (крану).
Персонажі Жене переважно сироти або напівсироти. Сюжети часто про любов між двома незвичними і самотніми людьми (Амелі і Ніно, Матільда і Манех, Луазон і Жулі).
Завершальні титри фільмів завжди містять фотографії усіх акторів, що грали у картині.
