У липні 2004 року він був переведений з молодіжної команди до першої команди «Брондбю», після уходу шведського захисника Андреаса Якобссона. Даніель Аггер швидко зарекомендував себе не тільки як гравець основного складу, а також як один з ключових гравців команди, яка виграла данську Суперліги 2004-05. Незважаючи на свою відносну молодість, після першої половини сезону Аггер був названий «талантом року» у 2004 році.
Після успішного сезону 2004-05 у чемпіонаті Аґґер був призваний до національної збірної з футболу 2 червня 2005 року проти Фінляндії, де Даніель провів увесь матч. У 20 років Даніель Аґґер був нагороджений данським «талантом року» за всіма видами спорту 6 грудня2005 року.
«Ліверпуль»
12 січня 2006 року він підписав 4 ½-річний контракт з «Ліверпулем». Перейшовши за 6 мільйонів фунтів стерлінгів, Аггер став найдорожчим футболістом Данії, який був проданий за кордон[4], а також найдорожчим захисником «Ліверпуля» на той час (зараз найдорожчий — Глен Джонсон, придбаний у «Портсмута» за 17 мільйонів).
Аггер забив свій перший гол за «Ліверпуль» 26 серпня 2006 року в переможному матчі над «Вест Гем Юнайтед» з рахунком 2-1. М'яч було забито з 32 м, його було названо найкращим голом серпня за версією BBC[5].
Аггер забив свій другий гол за клуб у Кубку Футбольної ліги у виїзному матчі проти «Бірмінгем Сіті». Його третій був у ворота «Арсеналу», переможному матчі з рахунком 4-1 31 березня2007 року.
Аггер розпочав сезон 2007—2008, забивши два м'ячі у чотирьох матчах. Але в цьому сезоні Даніель у вересні отримав травму, вилікувавшись у січні 2008 року.
11 квітня 2009 Аггер забив третій гол за «Ліверпуль» з 27 метрів проти «Блекберн Роверз». Ліверпуль виграв 4-0.
У травні 2009 року Аггер підписав новий п'ятирічний контракт.
Аггер був прооперований у серпні 2009 року. Повернувся Даніель на поле 25 жовтня того ж року у переможному матчі над «Манчестер Юнайтед», коли мерсісайдці виграли 2-0.
28 лютого 2010 року Даніель зіграв свій 100-й офіційний матч за «Ліверпуль», граючи в переможному матчі над Блекберн Роверз, коли «червоні» виграли вдома 2-1. Сьомий гол за клуб данець забив у ворота «Бенфіки» у Лізі Європи.
У матчі проти «Арсеналу» Аггер з'явився 15 серпня 2010 року, але отримав струс мозку у другій половині гри і пізніше був замінений. Він пропустив наступні кілька ігор.
28 січня 2012 року забив перший гол у ворота «Манчестер Юнайтед» у четвертому раунді кубка Англії, матч завершився перемогою мерсісайдського клубу з рахунком 2-1.[6] 8 травня в останньому домашньому матчі сезону забив у ворота «Челсі».[7]
Повернення до «Брондбю»
30 серпня 2014 Аггер повернувся в данський «Брондбю» за £ 3 млн, підписавши з клубом 2-річний контракт. Незважаючи на пропозиції в Англії та інших європейських країнах, він хотів грати в країні з менш фізично вимогливою лігою.
У 2016 році Даніель оголосив, що завершить кар'єру після завершення контракту.
Особисте життя
У Даніеля є молодший двоюрідний брат Ніколай Аггер, який також футболіст, виступає за «Брондбю».
У травні 2010 року Аггер одружився з Софі Нельсон в Данії. У пари є син Джеймі.
Аггер володіє пабом зі своїм дядьком в Данії.
Татуювання
Даніель Аггер має численні татуювання у тому числі вікінг на верхній частині правої руці, великий малюнок вікінгів і кладовище[8], у тому числі рік його народження (1984) і латинський вислів «Mors certa, hora incerta» («Смерть неминуча, її час невизначений»). Він також має складну групу татуювань навколо лівого ліктя.
