«Prinz Eugen» був третім кораблем серії й останнім прийнятим до складу флоту після початку війни. Під час спуску на воду 22 серпня 1938 хресною матір'ю крейсера була дружина Міклоша Горті Магдолна на знак того, що угорець був капітаном ц.к. лінкоруPrinz Eugen у Першій світовій війні. Крейсер називали «Щасливим принцом», оскільки він виходив без значних пошкоджень з усіх операцій, в яких брав участь. Під час добудови 2 липня 1940 у каналі корабельніКіля був пошкоджений бомбою.
Операція Rheinübung
18 травня 1941 вийшов з Готенгафена разом з лінкором «Bismarck» для прориву з Балтики до Атлантики. Їхній похід було рано виявлено і за ними було надіслано значні сили британського флоту. 24 травня 1941 відбувся їхній бій з британськими кораблями Королівського флоту. Внаслідок першого влучання 203-мм набою з «Prinz Eugen» лінійний крейсерHMS Hood загорівся, а після залпу «Бісмарка» затонув. Лінійний корабель «HMS Prince of Wales» отримав 4 влучання з «Бісмарка», 3 — з «Принца Ойгена» й рятувався втечею за димовою завісою. Крейсер HMS Suffolk перебував за межею обстрілу. «Prinz Eugen» не отримав жодних пошкоджень, а «Bismarck» отримав ушкодження носового резервуара і не міг більше розвивати швидкість 30 вузлів через забруднення палива морською водою. Залишаючи за собою масляний слід він попрямував до Бреста. О 18:34 «Prinz Eugen» отримав наказ діяти самостійно. Через технічні негаразди змушений був 1 червня зайти до порту Брест.
Операція Cerberus
У Бресті 8 липня 1941 був значно пошкоджений бомбою, загинуло 60 моряків. Ремонт тривав до середини грудня. На початку січня 1942 Гітлер наказав повернути до портів Німеччини великі кораблі: «Prinz Eugen», лінкори «Gneisenau», «Scharnhorst». Під прикриттям малих кораблів, літаків Люфтваффе з 11 по 13 лютого 1942 їм вдалось прорватись найкоротшим шляхом через Ла-Манш. Це був перший прохід ворожого флоту Ла-Маншем з XVI ст. «Prinz Eugen» єдиний з кораблів не отримав жодних пошкоджень.
У січні 1943 після провалу операції Regenbogen став навчальним кораблем. У серпні 1944 підтримував з моря частини на Східному фронті під Тукумсом. У жовтні 1944 повернувся до Готенгафена, де за поганої видимості протаранив крейсер «Leipzig». До кінця року підтримував вогнем війська біля Сааремаа, Кьонігсбергу, Данцігу, брав участь у евакуації населення Східної Прусії. 20 квітня 1945 зайшов до Копенгагену, де залишився через брак пального.
Був єдиним великим кораблем Крігсмаріне, що вцілів до закінчення війни. У травні 1945 переведений до Вільгельмсгафен, де був переданий американцям. У січні 1946 переведений до Філадельфії з 574 німецькими моряками, що його обслуговували. З нього зняли для вивчення гармати головного калібру, зенітні гармати, далекоміри, катапульту, радар, гідрофон. 1 травня 1946 перевели через Панамський канал до Сан-Дієго, звідти на буксирі — до Гонолулу, де відпустили останніх 134 німецьких моряків.
Crossroads
Крейсер перевели до атолуБікіні, де він перебував за милю від епіцентрівядерних вибухів: повітряного 1 липня, підводного 25 липня 1946. Корабель не затонув, зовні не отримав значних пошкоджень, але вийшли з ладу сальникові ущільненнявалівгребних гвинтів, помпи. Був відведений до атолу Кваджалейн, де 16 грудня почав нахилятись на борт. Спроби відкачати воду, підвести до берега не мали успіху. 22 грудня 1946 він раптово перекинувся й затонув за 250 м від берега. Під час відпливу видно його днище та гребні гвинти. У корпусі залишилась лише 1 башта, решта випали.
Ingo Bauernfeind: Radioaktiv bis in alle Ewigkeit — Das Schicksal der Prinz Eugen. E. S. Mittler & Sohn, Hamburg / Berlin / Bonn 2011, ISBN 978-3-8132-0928-0 (нім.)
Bernd Brandes: Frieden durch Verstehen. Das Projekt Prinz Eugen. Resch, Gräfelfing 1993, ISBN 3-930039-27-3 (нім.)
Siegfried Breyer: Waffen-Arsenal — Die Schweren Kreuzer der Kriegsmarine, Special Band 10, Podzun-Pallas, Wölfersheim-Berstadt 1999, ISBN 3-7909-0668-9 (нім.)
Erich Gröner, Dieter Jung, Martin Maass: Die deutschen Kriegsschiffe 1815—1945. Band 1: Panzerschiffe, Linienschiffe, Schlachtschiffe, Flugzeugträger, Kreuzer, Kanonenboote, Bernard & Graefe, München 1982, ISBN 3-7637-4800-8, S. 93-96 (нім.)
Hans H. Hildebrand, Albert Röhr, Hans-Otto Steinmetz: Die Deutschen Kriegsschiffe, Band 5. Koehler, Herford 1982, ISBN 3-7822-0236-8 (нім.)
Gerhard Koop, Klaus-Peter Schmolke: Die Schweren Kreuzer der Admiral Hipper-Klasse, Bernard & Graefe, München 1992, ISBN 3-7637-5896-8 (нім.)
Paul Schmalenbach: Schwerer Kreuzer Prinz Eugen. Heyne, München 2003, ISBN 3-453-87090-5 (нім.)
Conway's All the World's Fighting Ships 1922—1946. Conway Maritime Press Ltd, London 1980, ISBN 0-85177-146-7 (англ.)