Село засновано 1810 року. Також мало назву Озерище. Спочатку Афанасіївка — Озерище було селом майора Афанасія Федорова сина Сойманова. Село з трьох боків оточене заплавами й озерцями. До 1920 року входило до складу Отбідо-Василівської волостіХерсонської губернії.
До скасування кріпацтва село належало роду Рафтопуло. Зокрема нащадки Костянтина Рафтопуло на 1860 рік володіли в Афанасіївці 103 кріпосними на 24 двори.
Підрив росіянами дамби Каховської ГЕС в червні 2023 року спричинив масові повені в Херсонській та Миколаївській областях. Невелика Афанасіївка площею менше ніж 4 квадратних кілометри за добу майже вся пішла під воду. Три мости, що з’єднували Афанасіївку з сушею, пішли під воду. Село залишилося без світла, продуктів та питної води. Кілька днів допомогу в Афанасіївку українські військові возили човнами. Вода зруйнувала понад 100 будинків[1].