Hristiyanlık, yeni dönemin ilk yıllarında bugünkü Azerbaycan topraklarına yayılmıştı. Bu dönemin ilk aşaması, Kudüs'ün ilk patriği olan Yegub'un kutsaması ile yeni dini yayan Havariler Bartholomew ve Thaddeus (Ermenistan'ı Hristiyanlaştıranlarla aynı kişiler) dönemi olarak adlandırılmaktadır.[kaynak belirtilmeli]
Azerbaycan'da Doğu Ortodoks Hristiyanlığının taraftarları çoğunlukla etnik Ermenilerdir. Ermeni Apostolik Kilisesi'nin şu anda Dağlık Karabağ Cumhuriyeti dışında bir cemaati yoktur. Savaşın patlak vermesinden önce, Ermeniler ülkedeki en büyük Hristiyan nüfusu oluşturuyordu. Bugün Azerbaycan'daki Ermeni kiliseleri, yoğun Ermeni göçü ve Azerbaycan saldırılarından korkma nedeniyle kapalı durumdadır.[4]Birinci Dağlık Karabağ Savaşı sırasında, dini ayrımcılığa karşı anayasal güvencelere rağmen, Azerbaycan'ın her yerinde Ermeni Apostolik Kilisesi'ne karşı çok sayıda vandalizm vakası bildirilmiştir.[5] 1990'da Bakü pogromunun zirvesinde, Ermeni Aziz Krikor Aydınlatıcı Kilisesi ateşe verilmişti,[6] ancak 2004'te restore edilen kilise günümüzde hala kullanılmamaktadır.
Azerbaycan'da ayrıca on bir Molokan topluluğu vardır. Molokanlar, diğer Protestanlar gibi inançlarını İncil'e odaklayan ve kilise hiyerarşisini reddeden bir Protestan azınlıktır. Ayrıca, muhtemelen 7.000'den az Protestan cemaati olan bir Alman Lutheran topluluğu da vardır. Azerbaycan'daki Baptist Birliği'nin eski genel sekreteri Pastor Elnur Jabiyev'e göre, 2010 yılına kadar Bakü'de sekiz veya dokuz evanjelik kilise vardı, ancak bunların da açıkça bir araya gelmesi yetkililer tarafından engellenmektedir.[7]
^United States Department of State, Country Reports on Human Rights Practices for 1992 (Washington: U.S. Government Printing Office, February 1993), p. 708
^Memorandum from the Lawyers Committee for Human Rights to John D. Evans, Resource Information Center, 13 June 1993, p. 4.
^Implementation of the Helsinki Accords: Human Rights and Democratization in the Newly Independent States of the former Soviet Union" (Washington, DC: U.S. Congress, Commission on Security and Cooperation in Europe, January 1993), p. 116
De Cordier (2017). "From Once-Dominant Minority to Historical Christian Outpost on the Southern Caspian: Azerbaijan's Orthodox Christians". Central Asian Affairs. 4 (4): 358-383. doi:10.1163/22142290-00404003.