* Antal matcher och mål i seniorlag räknas endast för de inhemska ligorna och är korrekt per den 10 mars 2024. ** Antal landskamper och mål är korrekta per den 14 januari 2024.
Werner har spelat för Stuttgart och RB Leipzig. Han spelade flest matcher för RB Leipzig och gjorde även flest mål.
Efter sina prestationer i Tyskland var det dags för honom att byta klubb. Den 18 juni 2020 värvades Werner av Chelsea, där han skrev på ett femårskontrakt.[2]
Den 9 augusti 2022 blev Werner klar för en återkomst i RB Leipzig, där han skrev på ett fyraårskontrakt.[3]
Werner anslöt till Premier League-klubben Tottenham Hotspur den 9 januari 2024 på lån för resten av säsongen 2023–24, med möjlighet att göra övergången permanent.[4]