* Antal matcher och mål i seniorlag räknas endast för de inhemska ligorna och är korrekt per den 8 november 2020. ** Antal landskamper och mål är korrekta per den 6 december 2019.
År 2003 gick Rudy med i VfB Stuttgarts ungdomsakademi. Han startade år 2007 sin seniorkarriär med klubbens reservlag i den halvprofessionella ligan Regionalliga Süd. Hans professionella debut kom med samma lag i den nya divisionen 3. Liga, Tysklands tredje division. Hans debuterade den 2 augusti 2008 mot Union Berlin.
Under sommaren 2008 skrev Rudy kontrakt med VfB Stuttgarts A-lag, med vilka han gjorde sin tävlingsdebut i första omgången av DFB-Pokal den 10 augusti 2008, då man vann med 5-0 på bortaplan mot Hansa Lüneburg.
I januari 2017 blev det klart att Rudy skulle flytta till storklubben Bayern München, men först till sommaren.[3]
Sommaren 2018 blev det klart att Sebastian Rudy hade skrivit på ett fyraårskontrakt med Schalke 04 och lämnade därmed FC Bayern München efter ett års spel i den tyska giganten. Den 31 juli 2019 lånades Rudy ut till 1899 Hoffenheim på ett låneavtal över säsongen 2019/2020.[4] Den 5 oktober 2020 lånades han på nytt ut till Hoffenheim på ett säsongslån.[5]