A Série B de 2001 teve a participação de 28 equipes.
As equipes foram divididas regionalmente em dois grupos, nos quais jogavam em turno e returno dentro deles. As quatro melhores equipes de cada grupo se classificavam para as quartas-de-final, onde se enfrentavam no "sistema olímpico".
Os quatro classificados diputam a Fase Final em um quadrangular com jogos de ida e volta. Os dois primeiros colocados garantiam acesso para a Série A em 2002.
As duas últimas equipes de cada grupo são rebaixadas à Série C em 2002. As equipes que terminarem na 11º e 12º de cada grupo, jogam uma repescagem, no sistema de cruzamento, cujos perdedores também serão rebaixados.
Influências políticas
Devido ao Campeonato Brasileiro ter se transformado em Copa João Havelange, durante um ano, em 2000, tendo sua forma de disputa modificada, era de se presumir que em 2001 a composição das séries A, B e C 2001 respeitariam o resultado final de 1999, bem como seus respectivos rebaixamentos e ascensões. Porém diversos lobbys políticos estaduais fizeram com que esta composição fosse um tanto diferente, com clubes que estavam na série C dois anos antes, e foram mal na João Havelange, no ano anterior, conseguindo assegurar a participação nesta competição[1].
No quadrangular decisivo pelo acesso, Paysandu e Figueirense levaram a melhor e conquistaram o acesso para a Série A de 2002. No entanto, o jogo decisivo entre Figueirense e Caxias, que estava 1x0 para os donos da casa, foi paralisado aos 41 do segundo tempo em função de invasão da torcida catarinense ao gramado. Sem condições de continuar, o árbitro encerrou e o jogo foi anulado. Entretanto, nos tribunais, após um longo embróglio, o Figueirense conseguiu validar o gol da partida anulada e assim conquistar o acesso.
Campeão e Promovido para o Campeonato Brasileiro de 2002 - Série A
Vice-Campeão e Promovido para o Campeonato Brasileiro de 2002 - Série A
[1]^ Jogo encerrado aos 45' do 2º tempo após invasão da torcida do Figueirense, quando havia ainda 3 minutos a serem jogados. O STJD da CBF julgou e decidiu manter a vitória para o clube catarinense.