Ofertę gry w tym klubie Nunes otrzymał w wieku 20 lat. Debiut zaliczył 14 października2018 roku w meczu drugiej ligi portugalskiej przeciwko Varzim SC, zremisowanym 2:2[3]. Zaledwie po ośmiu rozegranych spotkaniach zainteresowanie zawodnikiem wyraził jeden z najlepszych portugalskich klubów – Sporting[2].
Sporting
Sporting wykupił piłkarza za niecały milion euro[1]. Na początku grał w rezerwowych drużynach klubu, jednak w końcu dostał szansę gry w pierwszym zespole. Po tym stał się na tyle ważnym piłkarzem Sportingu, że o jego usługi zapobiegała reprezentacja Brazylii. Jednak Nunes wybrał grę dla Portugalii i zasilił szeregi tej reprezentacji na Eliminacje Mistrzostw Świata 2022[2]. Dla lizbońskiego klubu Matheus rozegrał ponad 100 spotkań, a latem 2022 roku przeniósł się do angielskiego Wolverhampton.