w wyniku przeprowadzonego w latach 1890–1895 w okolicach Świbna przekopu Wisły, powstało nowe ujście Leniwki: od miejscowości Przegalina do Zatoki Gdańskiej powstał przekop Wisły. Nazwę Martwa Wisła przybrał wówczas odcinek dawnej Leniwki od Przegaliny do ujścia przy Westerplatte w Gdańsku.
Nazwę Martwa Wisła ustalono urzędowo w 1949 roku[2].
Od lat 80. XX wieku starorzecze Wisły w rejonie Przegaliny zaczęto zasypywać popiołami z elektrociepłowni "Wybrzeże" w Gdańsku, transportowanymi drogą wodną na barkach. Początkowo zamierzano zasypać pow. ok. 100 ha, ostatecznie zapełniono odpadami 40 ha dawnego koryta[3]. Martwa Wisła ma jednak nadal połączenie z głównym ujściowym korytem Wisły poprzez śluzę w Przegalinie (wybudowaną w 1895).
Zgodnie z Rozporządzeniem Rady Ministrów z 2002 r. ws. klasyfikacji śródlądowych dróg wodnych[4], Martwa Wisła ma klasę żeglowną Vb i jest dostępna dla statków o nośności do 4000 ton i zanurzeniu do 3 m.