Most nosi imię Jana Pawła II od dnia otwarcia. W trakcie budowy most nazywany był Mostem Trzeciego Tysiąclecia, więc w wielu publikacjach technicznych nazywany jest Mostem III Tysiąclecia im. Jana Pawła II[4].
Budowę mostu, mającą na celu poprawę dostępności komunikacyjnej portu gdańskiego, rozpoczęto w sierpniu 1999. W czasie budowy po raz pierwszy w Polsce zdecydowano się nie ustawiać rusztowań, a transportować poszczególne sekcje mostu drogą wodną z wykorzystaniem barek rzecznych[5].
Ze względu na częste akty wandalizmu (niszczono oświetlenie, wykonywano nielegalne graffiti) w roku 2004 zainstalowano monitoring, który bezpośrednio podłączony został do posterunku policji na Stogach. Przyczyniło się to do poprawy bezpieczeństwa obiektu.