W 1829 r. został kierownikiem katedry mineralogii na Uniwersytecie Jagiellońskim, którą kierował do 1833 r., gdy został zdymisjonowany za posiadanie polskiej prasy niepodległościowej z okresu powstania listopadowego. Następnie do 1837 r. był dyrektorem górnictwaWolnego Miasta Krakowa. W okresie 1838–1847 mieszkał w Warszawie, gdzie zajmował się własną pracą naukową. Po Wiośnie Ludów powrócił w 1848 na Uniwersytet Jagielloński, gdzie pracował do 1857 r. Od tegoż 1857 r. zatrudniony w warszawskiej Akademii Medyko-Chirurgicznej, a następnie w warszawskim państwowym biurze geologicznym, gdzie wykonywał mapy geologiczne i badał złoża na terenie Kongresówki. Tu związał się ze stronnictwem Wielopolskiego i przeszedł do służby rządowej jako urzędnik do specjalnych poruczeń. Po upadku powstania styczniowego, którego był przeciwnikiem, powrócił do Galicji. Następnie pracował w karpackim przemyśle naftowym aż do 1870 r., kiedy to powrócił do Krakowa. 3 stycznia 1871 r. został zamordowany przez osobę, którą przyjął na służbę. Powód zbrodni nie został wyjaśniony – w grę wchodził motyw rabunkowy lub polityczny[3]. Pochowany na cmentarzu Rakowickim w Krakowie[4] (pas 23, płd.).
Działalność naukowa
W swoich badaniach geologicznych specjalizował się przede wszystkim w Karpatach i Górach Świętokrzyskich. W latach 1829–1856 systematycznie badał Tatry, a ze swoich wszystkich publikacji ok. jedną czwartą poświęcił ich geologii. Za jego główną pracę w tej dziedzinie należy uznać Rzut oka na budowę geologiczną Tatrów (Warszawa 1842)[5]. W 1843 r. towarzyszył w wycieczkach w Tatry i Góry Świętokrzyskie wybitnemu brytyjskiemu geologowi i stratygrafowiRoderickowi Murchisonowi. W 1844 r. w Berlinie opublikował, choć anonimowo, pierwszą w dziejach szczegółową mapę geologiczną Tatr, która została potem wykorzystana w mapie geologicznej Europy Środkowej Murchisona z 1845 r., a następnie w mapie geologicznej całego imperium austriackiego autorstwa Haidingera z 1847 r. Jako jeden z pierwszych zwrócił uwagę na dawne zlodowacenie Tatr i prowadził badania w tym kierunku[6]. Zajmował się również hipsometrią, klimatem i hydrografią Tatr, tatrzańskim nazewnictwem i kulturą górali tatrzańskich[5].
Eksplorował również Pasmo Babiogórskie. Na szczycie Babiej Góry stanął 31 sierpnia 1830 r., jako pierwszy zapisując jego nazwę w formie Diabła Kuchnia[7]. W 1849 r. jako jeden z pierwszych polskich naukowców odbył i opisał podróż do źródeł Wisły i na Baranią Górę. W latach 50 i 60. XIX w. wykonał 9 arkuszy mapy geologicznej Gór Świętokrzyskich. W sumie był autorem 146 prac naukowych i szeregu mniejszych publikacji. Prowadził też badania paleontologiczne m.in. nad jurajskimi ślimakami z wapieni w Inwałdzie.
Autor podręcznika mineralogii, podręcznika paleontologii[8], książki popularnonaukowej Geologia do łatwego zastosówania[!] (1856), tłumacz z niemieckiego monografii Humboldta pt. Kosmos. Członek korespondent Galicyjskiego Towarzystwa Gospodarskiego (1846–1870)[9].
Na jego cześć nazwano rodzaj ramienionogów jurajskich Zeuschneria Smirnova, 1975[10], którego gatunek typowy pochodzi z badanego wcześniej przez Zeuschnera odsłonięcia w Inwałdzie. Natomiast nazwa rodzajowa Zejszneria Siemiradzki, 1922 (ramienionóg dewoński, poprawna nazwa Carinatina Nalivkin, 1930)[11] została uznana za nomen oblitum (łac. "nazwa zapomniana"); jest to dość rzadki przypadek, kiedy po spełnieniu kilku szczególnych warunków i wbrew ogólnym regułom nomenklatury zoologicznej jako poprawną przyjmuje się nazwę późniejszą
Ponadto na cześć L. Zejsznera nazwano kilkanaście gatunków kopalnych zwierząt i roślin[12], między innymi:
Rhynchonella zeuschneri Zittel, 1870 (ramienionóg jurajski z obszaru współczesnych Pienin, obecna nazwa Lacunosella zeuschneri)[13];
Chonetes zeuschneri Sobolew, 1909 (ramienionóg dewoński z obszaru współczesnych Gór Świętokrzyskich, obecna nazwa Devonaria zeuschneri)[14];
↑Provinzial-Handbuch der Königreich Galizien und Lodomerien für das Jahr1850, s. 560; 1851, s. 625; 1852, s. 610; 1853, s. 618; 1854, s. 634; Handbuch des Lemberger Sttathalterei-Gebietes in Galizien für das Jahr1855, s. 462; 1856, s. 208; 1857, s. 356; 1858, s. 250; 1859, s. 267; 1860, s. 270; 1861, s. 402; 1862, s. 414; 1863, s. 425; 1864, s. 434; 1865, s. 447; 1865, s. 462; Galizisches Provinzial-Hanbuch für das Jahr1868, s. 808; 1869, s. 532; Szematyzm Królestwa Galicji i Lodomerii z Wielkim Księstwem Krakowskim na rok1870, s. 569;
↑P.P.CopperP.P., Atrypida, [w:] R.L.R.L.Kaesler (red.), Treatise on Invertebrate Paleontology, Part H, Brachiopoda (revised), Vol. 4, 2002, s. 1375–1474, ISBN 0-8137-3108-9.
Marek Graniczny, Joanna Kacprzak, Halina Urban i Piotr Krzywiec. Ludwik Zejszner – wybitny człowiek i przyrodnik, jeden z pionierów kartografii geologicznej w Polsce. „Przegląd Geologiczny”. 55 (11), s. 925-932, 2007.
Jan Widacki: Stulecie polskich detektywów. Kraków: Wydawnictwo Wawelskie, 1992. ISBN 83-85347-04-6. Brak numerów stron w książce
Stanisław Salmonowicz, Janusz Szwaja, Stanisław Waltoś: Pitaval krakowski. Kraków: Wydawnictwo Literackie Kraków, 1974, s. 258-275.