Uczył się w V Gimnazjum w Warszawie. Rozpoczął w 1912 studia matematyczne w Towarzystwie Kursów Naukowych, w następnym roku rozpoczął studia architektury, najpierw we Lwowie, potem na Wydziale Architektury Politechniki Warszawskiej, a także w latach 1916-1922 grafikę w Szkole Sztuk Pięknych.
Brał udział w wojnie polsko-rosyjskiej. Studia architektoniczne ukończył w 1922. Po zgonie prof. Stanisława Noakowskiego w 1928 objął katedrę historii sztuki. W 1933 otrzymał stopień profesora nadzwyczajnego.
W czasie walk o stolicę we wrześniu 1939 był komendantem Straży Obywatelskiej na Mokotowie. W czasie okupacji wykładał na tajnym Wydziale Architektury Politechniki Warszawskiej i zasiadał w Komisji Rzeczoznawców Urbanistycznych[4]. We wrześniu 1944 roku w jego dom na Saskiej Kępie trafił niemiecki pocisk i dzięki wsparciu prezydenta miasta Mariana Spychalskiego Niemojewski wraz z żoną wyjechali do Lublina[5]. Zaangażował się w działania pod auspicjami PKWN, m.in. współpracował przy organizacji Politechniki Warszawskiej i został prezesem reaktywowanego w Lublinie SARP[5].
We wrześniu 1945 objął katedrę Historii Sztuki i Architektury Średniowiecznej na warszawskim Wydziale Architektury. W 1947 roku ofiarował pałacowi Na Wyspie kilkanaście sztuk mebli zakupionych w 1807 roku przez jego pradziada Józefa Niemojewskiego od siostry Stanisława Augusta Poniatowskiego[6]. Pełnił funkcję dziekana Wydziału Architektury. W roku 1952 został pozbawiony funkcji. Pretekstem do nagonki stała się jego książka Uczniowie Cieśli której aktywiści partyjni zarzucali niezgodność z obowiązującą wówczas ideologią[7].