Urodziła się w Sherman Oaks[6], dzielnicy Los Angeles, jako córka aktorskiej pary Johna Anistona i Nancy Dow[7][8]. Ojciec Aniston, imigrant z Grecji, grywał w popularnych operach mydlanych (m.in. Dni naszego życia, Search for Tomorrow i Love of Life)[9]. Matka Aniston urodziła się w Nowym Jorku, jej dziadek był włoskim imigrantem. Inni przodkowie matki wywodzą się ze Szkocji, Irlandii i w niewielkiej liczbie z Grecji. Rodzice Aniston się rozwiedli, gdy miała dziewięć lat[10]. Ma dwóch przyrodnich braci, Johna Melicka i Alexa Anistona[10]. Jej ojcem chrzestnym był najlepszy przyjaciel jej ojca, Telly Savalas. W 1999 zerwała kontakty z matką po wydaniu przez nią książki biograficznej pt. From Mother and Daughter to Friends[10].
Po przeprowadzce do Hollywood otrzymała pierwsze małe role w serialu telewizyjnym Molloy i filmie Camp Cucamonga. Wystąpiła także w Ferris Bueller, Quantum Leap, Herman’s Head i szeregu innych, nie cieszących się specjalnym powodzeniem produkcji[11]. W 1992 zagrała jedną z głównych ról w niskobudżetowym horrorze fantasy Karzeł (Leprechaun), film ten otrzymał jednak bardzo słabe recenzje i Aniston zaczęła zastanawiać się nad zmianą zawodu[12]. Postanowiła jednak jeszcze raz spróbować szczęścia i wystąpić w castingu do planowanego przez NBCsitcomuPrzyjaciele. Początkowo otrzymała rolę Moniki Geller, producenci doszli jednak do wniosku, że Courteney Cox bardziej pasuje do tej postaci i Aniston otrzymała rolę Rachel Green, która zapewniła jej międzynarodową popularność[13]. Popularność Przyjaciół znacznie przerosła oczekiwania producentów, zdobywając popularność i status serii kultowej na całym świecie. Fryzura, którą nosiła Aniston w pierwszych częściach sitcomu, otrzymała nazwę „Rachel’s cut” i była kopiowana przez wiele kobiet[13]. W latach 1994–2004 NBC wyprodukowało dziesięć części Przyjaciół, gaże płacone aktorom w ostatniej części sitcomu wynosiły milion dolarów za odcinek i weszły do Księgi Rekordów Guinnessa jako najwyższe gaże płacone aktorom telewizyjnym. Aniston za rolę Rachel Green otrzymała nagrodę Emmy dla wybitnej aktorki pierwszoplanowej w serialu komediowym w 2002 oraz Złoty Glob dla najlepszej aktorki w serialu komediowym lub musicalu w 2003[10].
W tym okresie zaczęła występować również na dużym ekranie i zdobyła pozytywne recenzje za występ w filmie Moja miłość (1998) i niskobudżetowej produkcji Życiowe rozterki (2002). Jej pierwszym kasowym hitem był Bruce Wszechmogący (2003), w którym zagrała u boku Jima Carreya. Nadchodzi Polly (2004), w którym jej partnerem był Ben Stiller, również cieszył się dużą popularnością. W 2005 próbowała bez powodzenia wykazać się w poważnej roli, występując w thrillerzeWykolejony. Po tej porażce powróciła do ról komediowych, występując w kasowych hitach Z ust do ust (2005) i Sztuka zrywania (2006)[14].
W święta Bożego Narodzenia 2008 trafiła do kin komedia Marley & Ja, w której Aniston występuje u boku Owena Wilsona. W lutym 2009 miała premierę następna komedia z Aniston, Kobiety pragną bardziej, i pomimo podzielonych opinii uplasowała się na pierwszym miejscu kinowej listy przebojów.
Spotykała się z muzykiem Adamem Duritzem i aktorem Tatem Donovanem[13], z którym była zaręczona. W maju 1998, po randce w ciemno, zaczęła spotykać się z aktorem Bradem Pittem[13]. Tworzyli jedną z ulubionych par światowego show-biznesu[13]. 29 lipca 2000 pobrali się na prywatnej ceremonii w Malibu[16], w rezydencji należącej do producentki PrzyjaciółMarcy Carset[13]. Ceremonia miała kosztować nowożeńców 1 mln dol.[13]. Mimo że przez kilka lat uznawani byli za „idealne małżeństwo w Hollywood”[10], 6 stycznia 2005 ogłosili separację[17]. Pomimo tego, że w trakcie separacji byli wielokrotnie widywani razem, m.in. na przyjęciu z okazji 36. urodzin aktorki, 25 marca 2005 Aniston złożyła pozew rozwodowy[18], a 2 października 2005 sprawa została sfinalizowana. Aktorka wielokrotnie mówiła, że nie żałuje związku z Pittem. Jako główną przyczynę rozwodu podaje się romans Pitta z Angeliną Jolie w trakcie prac do filmu Pan i pani Smith. Choć Pitt zapewnia, że nigdy nie zdradzał ówczesnej żony i związek z Jolie rozpoczął po rozstaniu z Aniston, Jolie otwarcie przyznała się do romansu[19], choć wcześniej temu zaprzeczała[20].
W 2006 spotykała się z aktorem Vince’em Vaughnem, który był jej partnerem w komedii Sztuka zrywania. Po niecałym roku para rozstała się, pozostając w zadeklarowanej przyjaźni[21]. Aktorce przypisywano również krótki romans z brytyjskim modelem Paulem Scaulforem. W kwietniu 2008 rozpoczęła kontrowersyjny i pilnie śledzony przez prasę romans z muzykiem Johnem Mayerem[22]. Mimo że Aniston i Mayer rozstali się na krótko w 2008[23], to oboje potwierdzali aktualność związku w licznych wywiadach[24][25][26]. Przy wręczeniu Oscarów w lutym 2009 Aniston i Mayer wystąpili po raz pierwszy oficjalnie jako para. Wystąpienie z Mayerem było dla Aniston pierwszym oficjalnym wystąpieniem z nowym partnerem od czasu rozwodu z Pittem w 2005[27]. Dwa tygodnie później Mayer i Aniston ponownie się rozstali.
Została matką chrzestną Coco Riley, córki Courteney Cox, z którą występowała w serialu Przyjaciele.
8 marca 2022 poprzez wpis na Instagramie wyraziła wsparcie dla Ukrainek, które bohatersko sprzeciwiają się rosyjskiej inwazji, a także zachęciła internautów do wspierania mieszkańców tego kraju przekazami pieniężnymi[34][35].