Wybór ten oznaczał praktyczny koniec katolickiego biskupstwa lubuskiego. W latach 1555–1571 margrabia Jan Jerzy Hohenzollern, sprawujący pełną opiekę nad synem, a używający tytułu administratora diecezji lubuskiej przeprowadził sekularyzację dóbr kościelnych oraz wprowadził luterańską ordynację kościelną. Później z kolei losy diecezji niewiele obchodziły Joachima Fryderyka. Jego związek ze sprawowanym biskupstwem polegał prawie wyłącznie na nominalnym używaniu tytułu kościelnego i pobieraniu z niego beneficjów. W 1598 roku biskup porzucił swoją funkcję w chwili objęcia stanowiska elektora brandenburskiego. Jego następca nie został nominowany. Funkcje administracyjne przeszły na superintendentów luterańskich.
