Samo słowo „ksiądz” wywodzi się ze słowiańskiego kniędz (*kъnędzь) i pierwotnie termin ten oznaczał władcę, naczelnika plemiennego[2] (z tego samego źródła wywodzą się ruskie kniaź, czeskie kníže czy południowosłowiańskie knez). Słowo *kъnędzь do słowiańszczyzny zostało zapożyczone z pragermańskiego kuning lub kunung (*kuningaz, *kunungaz) – „książę, naczelnik plemienny” (kuning → kŭnęgŭ → kъnęgъ → kъnędzь). W polszczyźnie słowo uległo dalszym przekształceniom (zanik jerów, zmiana nagłosowego kń- w kś- itd.) w formę ksiądz. W litewskim pozostało jako kunigas.
We wczesnym średniowieczu zaczęto tak określać ludzi możnych i wpływowych. Od XIII wieku słowem tym nazywano też niekoronowanych władców jako odpowiednik łacińskiego słowa dux lub princeps, np. wielki ksiądz litewski (dziś w tym znaczeniu występuje polska forma książę, która pierwotnie znaczyła młodego władcę – książę od ksiądz (władca) jak koźlę od kozieł czy chłopię od chłop). W dawnej polszczyźnie zapisywano to słowo jako xiądz.
Znaczenie „duchowny” jest najpóźniejsze (prawdopodobnie przyszło do polszczyzny pod wpływem czeskim). Z początku, od II połowy XIV wieku, było stosowane jedynie wobec biskupów (zwanych wówczas często książętami Kościoła). Z czasem tytułu tego zaczęli używać opaci, prałaci i proboszczowie, a później też pozostali duchowni (w tym również niekatoliccy)[3]. W nowożytnej polszczyźnie stało się powszechnie używanym potocznym określeniem prezbitera.
W niektórych nurtach chrześcijańskich preferowane są lub stosowane zamiennie inne tytuły duchownych, takie jak np.: batiuszka (dawn. pop), pastor (łac. pasterz), starszy, kapłan (mariawici), minister bądź ojciec.