W 1332 r. Filip VI doprowadził do wyboru syna na tron Francji. Filip planował w tym czasie wyjazd na wyprawę krzyżową i chciał zabezpieczyć sukcesję swojego syna na wypadek swojej śmierci. W 1339 r. Jan został dowódcą wojsk wysłanych do Hainaut przeciwko Anglikom, ale nie odniósł tam sukcesów. Niewiele lepiej poszło mu w 1346 r., kiedy walczył w Langwedocji, gdzie nie mógł zdobyć zamku Aiguillon.
Tron Francji objął po śmierci ojca 22 sierpnia1350 r. Odziedziczył kraj wycieńczony wojną i epidemią czarnej śmierci. Został koronowany w Reims26 sierpnia 1350 r. Od początku rządów otaczał się przepychem i bezwzględnymi ludźmi, którym nadawał wysokie urzędy państwowe. Tym samym nie cieszył się poparciem francuskich feudałów. Jan, podobnie jak ojciec, był znakomitym rycerzem. W 1351 r. utworzył Order Gwiazdy, złożony z 500 kawalerów, którzy przysięgali, że nie ustąpią w bitwie ani na krok, ani nigdy się nie poddadzą.
Po objęciu tronu Jan nadawał wysokie godności tylko ludziom ze swojego najbliższego otoczenia. Nie przysparzało mu to popularności wśród francuskich feudałów. Szczególną ich niechęcią cieszył się faworyt króla, konetablKarol de la Cerda. Wkrótce de la Cerda popadł w konflikt z zięciem Jana II, królem NawarryKarolem II Złym. Między dwoma Karolami rozpoczęła się bezwzględna rywalizacja. Ostatecznie 8 stycznia1354 r. de la Cerda został zamordowany przez stronników króla Nawarry. Jan był wściekły, ale zagrożenie angielskimi najazdami skłoniło go do ugody z Karolem. 22 lutego 1354 r. podpisano ugodę w Mantes.
Ugoda ta nie zakończyła rywalizacji. Karol II nie otrzymał przyrzeczonych mu w traktacie włości. W takiej sytuacji nawiązał kontakty z Anglią i podpisał ugodę z królemEdwardem III. Obiecał w tym traktacie wspierać militarnie działania księcia WaliiEdwarda, zwanego „Czarnym Księciem”. Jan postanowił rozbić niebezpieczną dlań koalicję i 10 września1355 r. podpisał z Karolem II kolejny traktat w Valognes, który powtarzał postanowienia ugody z Mantes. Karol z Nawarry ponownie przeszedł do obozu Jana.
Wojna stuletnia
Tymczasem na nowo wybuchła wojna z Anglią (Wojna Stuletnia), trwająca od 1337 r. Po epidemii ospy nieco przygasła i działania wojenne koncentrowały się głównie w Bretanii, gdzie o tron walczyli popierany przez Edwarda III Jan de Montfort oraz popierani przez Francję Karol de Blois i Joanna I de Penthievre. W 1355 r. do Gujenny przybył Czarny Książę, który podjął ataki w głąb Francji. Tymczasem na początku 1356 r. król Jan stracił cierpliwość do działań Karola z Nawarry i kazał go uwięzić, a niektórych jego stronników skazał na śmierć. Nie uspokoiło to jednak sytuacji we Francji, gdyż brat króla Nawarry, Filip de Longueville, posiadacz licznych włości w Normandii, przeszedł na stronę Anglików.
Król Jan przystąpił do działań wojennych latem 1356 r. Na początku obległ Breteuil w Górnej Normandii. Zamek został w końcu zdobyty, ale załoga odeszła wolno. Tymczasem 8 sierpnia 1356 r. Czarny Książę zorganizował wyprawę w kierunku centralnej Francji. Armie angielskie dotarły do Tours i rozpoczęły oblężenie miasta. Jan II ucieszył się na wieść o przybyciu Anglików i postanowił stawić im czoła w bitwie. Po kilkudniowym pościgu przeciął drogę angielskiego odwrotu i zmusił Czarnego Księcia do starcia.
Bitwie można było jednak zapobiec. Na polecenie ówczesnego papieża Innocentego kardynał Élie de Talleyrand-Périgord[1] zdołał wynegocjować między stronami, że książę Walii za odstąpienie od walki odda wszystkie zdobyte dotąd w kampanii francuskiej zamki, jeńców (bez okupu) i zapłaci w złocie odszkodowanie za dokonane zniszczenia (a jego armia wsławiła się paleniem wsi, miast i rabunkiem słabszych, nie stawiających oporu zamków)[2]. Kardynał przedłożył Janowi II te niezwykle korzystne warunki, król jednak zażądał, by książę Walii i stu wybranych rycerzy oddało się we francuską niewolę. Tego warunku Anglicy nie mogli przyjąć[potrzebny przypis].
Bitwa odbyła się 19 września1356 r. na polu Maupertuis pod Poitiers. Jan podzielił swoje wojska na cztery kolumny. Jako pierwsza zaatakować miała kolumna marszałkade Clermont licząca 300 rycerzy. Pozostałe trzy kolumny (delfinaKarola, księcia Orleanu i króla Jana) czekały w rezerwie. W dzień starcia doszło do kłótni między dwoma francuskimi marszałkami – de Clermontem i d’Audrehemem, która zakończyła się samowolną szarżą francuskiej kawalerii. Szarża ta załamała się pod ostrzałem angielskich łuczników.
Clermont uderzył na hufiec lorda Salisbury’ego, ale jego oddział został starty z powierzchni ziemi, a sam marszałek zginął. D’Audrehem uderzył na hufiec lorda Warwicka, ale jemu również nie dopisało szczęście i dostał się do niewoli. Klęska kawalerii wywołała popłoch w armii francuskiej. Niedobitki z oddziału Clermonta wpadły na spieszonych rycerzy księcia Orleanu, potęgując zamęt. W efekcie cały hufiec Orleańczyka uciekł z pola bitwy, nie podejmując walki. Klęską zakończył się również atak kolumny delfina Karola, który widząc klęskę swoich oddziałów, uciekł z pola bitwy.
Na Maupertuis pozostał ostatni hufiec francuski pod osobistą wodzą króla Jana. Nie bacząc na to, że bitwa jest już przegrana, król rzucił się w wir walki. To jest pewne, że ów mąż uciekać przed nami nie będzie – powiedział przez bitwą John Chandos, doradca króla Nawarry. Wreszcie u boku Jana pozostał tylko jego najmłodszy syn, Filip, który wciąż krzyczał: Na lewo, ojcze, strzeżcie się! Ojcze, strzeżcie się, na prawo! W końcu Jan poddał się rycerzowi banicie z ArtoisDenisowi de Morbecque. Jednak i inni żołnierze zaczęli kłócić się o króla, za którego zapłacono by przecież ogromny okup. Ostatecznie Jan dostał się do niewoli lorda Warwicka, który przekazał go Czarnemu Księciu.
Ostatnie lata
W noc po bitwie książę Walii wydał ucztę na cześć Jana II. Edward sam usługiwał pokonanemu przeciwnikowi. Następnie został przewieziony do Anglii. Nie była to jednak „niewola” w ścisłym znaczeniu tego słowa. Król nie utracił swych przywilejów, mógł podróżować i kontynuować wystawne życie. Tak też czynił. Jak wynika z jego ksiąg rozrachunkowych wydawał krocie na konie, eleganckie ubrania, astrologów i nadworne grupy muzyczne. W londyńskiej Tower spędził tylko kilka miesięcy, kiedy Jean de Neuville wysadził desant w Anglii i spalił Winchelsea. Jan przetrzymywany był m.in. w Pałacu Sabaudzkim w Londynie, zamku Windsor, Hertford, Somerton, Berkhamtedt i innych.
Tymczasem Francja chyliła się ku upadkowi: zniszczenia wojenne, samowola feudałów i powstania chłopskie pogrążyły kraj w anarchii. Oddziały angielskie i nieopłacone kompanie najemników plądrowały kraj. W 1358 r. wybuchła Żakeria, powstanie chłopskie, które rychło rozszerzyło się na cały kraj. Powstańcy zdobyli nawet Paryż, ale ostatecznie zostali pokonani przez Karola z Nawarry, który po bitwie pod Poitiers odzyskał wolność.
Na mocy traktatu w Brétigny z 1360 r. ustalono wysokość okupu za uwolnienie króla (3 000 000 złotych skudów). Anglicy zgodzili się na powrót władcy do kraju w celu uzbierania ustalonej kwoty. Gwarancję dopełnienia umowy stanowił Ludwik, syn Jana Dobrego, również przebywający w angielskiej niewoli.
Ludwik jednak zbiegł. Jan Dobry natychmiast powrócił do Anglii deklarując, że nie jest w stanie uzbierać wyznaczonej sumy. Decyzja ta była krytykowana przez jego doradców oraz przez współczesnych historyków. Jan przybył do Londynu na początku 1364 r. i zamieszkał w Pałacu Sabaudzkim. Zmarł 8 kwietnia 1364 r. Jego ciało wróciło do Francji i spoczęło w bazylice Saint-Denis w Paryżu. Królem Francji został jego najstarszy syn, Karol V Mądry.