Swoją piłkarską karierę Guarín rozpoczął w klubie Atlético Huila, w barwach którego zadebiutował w 2002 roku w Copa Mustang. W 2003 r. przeniósł się do Envigado FC. Już w 2. kolejce ligowej w meczu przeciwko Deportivo Pereira (1:1) zdobył gola. W całym sezonie zagrał w 10 ligowych meczach, a jego drużyna najpierw weszła do drugiej fazy rozgrywek, a tam zajęła 2. miejsce w grupie B. Jednak jeszcze w połowie sezonu Guarín trafił na wypożyczenie do jednego z najsłynniejszych klubów Ameryki Południowej, Boca Juniors. Najpierw pół roku spędził w młodzieżowej drużynie tego klubu, a po dobrej grze w styczniu 2006 w sparingach oraz wobec kontuzji Fernando Gago i Sebastiána Battagli otworzyła się szansa gry w pierwszym składzie Boca. Ostatecznie Guarín zagrał tylko w 2 meczach Primera División, a z Boca wygrał fazę Clausura i tym samym wywalczył mistrzostwo Argentyny.
Saint-Étienne
W sierpniu 2006 Fredy trafił na wypożycznie do klubu francuskiejLigue 1, AS Saint-Etienne, które zapłaciło za ten transfer 0,1 mln euro. W barwach „Zielonych” zadebiutował 5 października w sparingu z Espanyolem Barcelona. Jego klub wygrał 2:0 a on sam zdobył obie bramki. Swój debiut w Ligue 1 Guarín zaliczył 14 października w derbach regionu Rodan-Alpy z Olympique Lyon. Pomimo porażki 1:2 Guarín został chwalony przez francuską prasę i od czasu debiutu trener zespołu Ivan Hašek coraz częściej zaczął stawiać na młodego Kolumbijczyka. Kierownictwo Saint-Etienne ostatecznie zdecydowało się wykupić zawodnika na stałe z Boca Juniors płacąc 0,5 mln euro, co stało się faktem w 2007 roku. Nowopodpisany kontrakt miał obowiązywać przez 4 lata. Do lata 2008 Guarín rozegrał dla "Zielonych" 36 spotkań i zdobył jednego gola w spotkaniu z Troyes AC (17 marca 2007).
10 lipca 2008 roku Guarín podpisał czteroletni kontrakt z FC Porto. Sumy transferu nie podano (prawdopodobnie ok. 1 mln euro)[1], ale w zamian za Kolumbijczyka Les Verts wypożyczyli Paulo Machado. Debiut Il Guaro miał miejsce podczas meczu o Superpuchar Portugalii z CS Marítimo rozegranym 16 sierpnia 2008 r. 14 grudnia 2008 strzelił dwie bramki w starciu z CD Cinfaes w Pucharze Ligi. Pierwszą bramkę dla Porto strzelił w spotkaniu z Vitórią Setúbal 6 grudnia 2008 r. 24 kwietnia 2010 również w meczu z Vitorią strzelił gola i zaliczył 2 asysty. Graczem pierwszej jedenastki został od sezonu 2010/11, gdy Smoki opuścił Raul Meireles. W finale Ligi Europy 2011 zaliczył asystę przy trafieniu Radamela Falcao[2]. Jedna z jego dwóch bramek w wygranym 4:1 spotkaniu z Maritimo została wybrana najpiękniejszą w sezonie 2010/11 w Europie. W meczu o Superpuchar Europy został ukarany czerwoną kartką. Po wygraniu Ligi Europy i odejściu Villasa-Boasa Guarin pod wodzą nowego trenera Vitora Pereiry stracił miejsce w wyjściowej jedenastce[3]. W listopadzie 2011 r. doznał kontuzji wykluczającej go z gry do kwietnia. Dla Porto zagrał w 63 meczach ligowych i zdobył 11 bramek.
Inter Mediolan
Nie przeszkodziło mu to jednak zmienić klubu, gdyż 31 stycznia 2012 Guarin został wypożyczony do Interu Mediolan za 1,5 mln euro, gdzie miał zastąpić odchodzącego do PSGThiago Mottę. Jego debiut miał miejsce 1 kwietnia2012 roku w meczu wygranym przez Inter Mediolan 5:4 z Genoa CFC, kiedy zmienił w 61 minucie Dejana Stankovicia. Po zakończeniu sezonu Inter Mediolan zdecydował się wykupić Kolumbijczyka za 11 milionów euro, co stanowiło kwotę o 2,5 mln mniejszą niż zakładano w umowie o wypożyczeniu. Pierwszą bramkę dla Nerazzurich zdobył 30 sierpnia 2012 r. w meczu z FC Vaslui (2:2) w eliminacjach Ligi Europy. 4 października podczas meczu z Neftçi PFK zaliczył 3 asysty. 8 listopada w meczu z Partizanem zdobył gola i dwukrotnie asystował[4]. 21 lutego w meczu z CFR Cluj zdobył dwie bramki.
Dysponuje mocnym i precyzyjnym uderzeniem z dystansu z obu nóg oraz świetnym wyszkoleniem technicznym[5]. Potrafi grać defensywnie, ale nie obce jest mu też ustawienie w okolicach środkowej linii boiska. Jest świetny jako ofensywny pomocnik, ale wydaje się, że jego właściwą rolą jest bycie rozgrywającym[6]. Jak zauważa La Gazetta dello Sport: " Jeżeli drużyna ma na boisku Fredy'ego Guarina to można być pewnym, że ten gracz da swojemu zespołowi albo wszystko, albo nic."[7]
Życie prywatne
Pomimo urodzenia w miejscowości Puerto Boyacá wychowywał się w Tului, którą opuścił po ukończeniu szkoły podstawowej. Przeniósł się wówczas do Ibagué[8]. Jego idolem jest Patrick Vieira na którego cześć zdecydował się nosić w Interze koszulkę z numerem 14, a także dla urodzonego w tym dniu syna[9]. Z żoną ma dwójkę synów, starszy - Daniel ma 8 lat, a młodszy 2[10]. Jest kibicem zespołu Millonarios FC[11]. W wywiadzie udzielonym w maju 2024 r. Guarín przyznał, że zmagał się z alkoholizmem[12].
.jpg)
