Uczył się w Gimnazjum im. Adama Mickiewicza w Wilnie, jednak zmuszony był przerwać edukację wskutek wybuchu wojny w 1939 r. Wziął udział w walkach z Niemcami w ramach powstania Armii Krajowej w Wilnie, w efekcie czego po zajęciu miasta przez armię radziecką został uwięziony w sowieckim obozie w Miednikach Królewskich, a stamtąd przymusowo przewieziono go do Kaługi, gdzie pracował przy wyrębie lasu, formalnie jako żołnierz radzieckiego wojskowego pułku roboczego. Na początku 1946 r. powrócił do Polski i wraz z rodziną osiedlił się w Kluczborku, a po paru miesiącach we Wrocławiu, gdzie od 1947 r. uczęszczał do technikum budowlanego, zdając maturę w roku 1948[2].
Od 1948 Małachowicz studiował architekturę na Politechnice Wrocławskiej uzyskując w 1951 dyplom inżyniera, jednak z przyczyn politycznych nie dopuszczono go do kontynuacji studiów, dlatego studia magisterskie musiał odbyć w trybie zaocznym, kończąc je na macierzystej uczelni w 1958[3]. Tamże uzyskał doktorat w roku 1964 pod promotorstwem prof. Guerquina[4].
Był profesorem zwyczajnym, przewodniczącym wrocławskiego oddziału Polskiej Akademii Nauk. Małachowicz, znawca średniowiecznej architektury polskiej, prowadził prace rekonstrukcyjne i stworzył wiele teoretycznych rekonstrukcji obiektów. Był autorem kilkunastu publikacji książkowych opisujących zabytki Wrocławia i Wilna oraz prac teoretycznych z dziedziny konserwacji zabytków.
Konserwacja i rewaloryzacja architektury w środowisku kulturowym, wyd. IV popr. i uzup., 2007, ISBN 978-83-7493-307-0 (tytuły wcześniejszych wydań: Ochrona środowiska kulturowego oraz Konserwacja i rewaloryzacja architektury w zespołach i krajobrazie)
Nagrody
1985: Nagroda Ministra Kultury i Sztuki za wybitne osiągnięcia w dziedzinie ochrony Wrocławia i Śląska[8]
Upamiętnienie
Twórczości Edmunda Małachowicza poświęcona jest książka Elżbiety Grodzkiej „Profesor Edmund Małachowicz. Architekt i konserwator. Autentyczność i wiarygodność zabytku architektury” wydanej w roku 2020 przez Oficynę Wydawniczą Politechniki Wrocławskiej.
Elżbieta Grodzka: Profesor Edmund Małachowicz. Architekt i konserwator. Autentyczność i wiarygodność zabytku architektury. Oficyna Wydawnicza Politechniki Wrocławskiej, 2020. ISBN 978-83-7493-115-1.
