Początkowo był to klub rugby. W 1882 roku przeszedł na piłkę nożną oraz zmienił nazwę z Burnley Rovers na Burnley Football Club. Wkrótce po tym skorzystał z zaproszenia miejscowej drużyny krykieta i rozpoczął grę na Turf Moor. Na stadionie tym Burnley występuje do dziś. W 1888 roku Burnley było jednym z założycieli Football League. W sezonie 1897/1898 klub wygrał rozgrywki Second Division[2].
W 1914 roku zespół pokonał 1:0 Liverpool w finale Pucharu Anglii i zdobył to trofeum. Po zakończeniu I wojny światowej, w sezonie 1920/1921 Burnley zanotowało serię 30 meczów bez porażki[3] i zostało mistrzem Anglii. Rok wcześniej klub zajął drugie miejsce w tabeli[2].
W roku 1947 Burnley ponownie dotarło do finału Pucharu Anglii, w którym przegrało z Charltonem Athletic. W sezonie 1959/1960 Burnley zostało po raz drugi mistrzem kraju, zaś dwa lata później dotarli do finału krajowego pucharu, przegranego z Tottenhamem Hotspur. W latach 60. klub dwukrotnie startował w Pucharze Miast Targowych[2].
W sezonie 1975/1976 Burnley spadło do drugiej ligi, Second Division, zaś cztery lata później występowali już o klasę rozgrywkową niżej. Pod koniec lat 80. zespół przez siedem sezonów występował na czwartym szczeblu rozgrywkowym. Od sezonu 1992/1993 grali na zmianę w drugiej i trzeciej lidze. W sezonie 2008/2009 klub doszedł do finału Pucharu Ligi oraz zajął szóste miejsce w Championship, ostatnie dające grę w barażach. Klub dotarł do finałów play-offów, w których pokonał Sheffield United i awansował do Premier League[2]. 25 kwietnia po przegranej u siebie 0:4 z Liverpoolem Burnley spadło z najwyższej klasy rozgrywkowej w Anglii[4].
W sezonie 2022/2023 Burnley zajęło pierwsze miejsce w Championship z dorobkiem 101 punktów i ponownie awansowało do Premier League[5].
Q – runda eliminacyjna, 1/16, 1/8, 1/4, 1/2 – odpowiednia faza rozgrywek, Grupa – runda grupowa, 1r gr – pierwsza runda grupowa, 2r gr – druga runda grupowa, F – finał, R – runda, PO – play-off
k. – rzuty karne, los. – losowanie, Dogr. – dogrywka, w. – zasada bramek strzelonych na wyjeździe
