Bazylikę wzbogacali papieże Hadrian I i Leon III. W 1479 kardynał Giuliano della Rovere (późniejszy papież Juliusz II) zbudował wieże. Prace konserwatorskie przeprowadzone w XVII w. zainicjował kardynał Alessandro Ottaviano de' Medici (późniejszy papież Leon XI). W dniu 14 czerwca1615 relikwie św. Agnieszki oraz innych męczenników złożono pod ołtarzem głównym w srebrnym relikwiarzu ofiarowanym przez papieża Pawła V. Wtedy też powstało zadaszenie nad ołtarzem.
W 1112 r. papież Paschalis II osadził w klasztorze przy bazylice benedyktynki, natomiast w 1479 r. Sykstus IV zamknął ten żeński klasztor, a w ich miejsce osadził ambrozjanów[2]. Z kolei w 1489 r. Z kolei Innocenty VIII zastąpił ich kanonikami regularnymi laterańskimi, którzy przebywają tam do czasów obecnych[2]. W 1708 r. bazylika stała się kościołem parafialnym, opiekę nad parafią powierzono kanonikom laterańskim[2].
Architektura i sztuka
Fasada bazyliki
Dzwonnica
Kościół ma trzy nawy z trzema kaplicami w każdej z nich.
Ołtarz główny pochodzi z czasów papieża Pawła V. Umieszczone są w nim m.in. relikwie św. Agnieszki i św. Emerencjany. Baldachim nad ołtarzem głównym pochodzi z 1614 r., jednak podtrzymujące go cztery porfirowe kolumny pochodzą z czasów starożytnych[2]. Tron biskupi stojący za ołtarzem pochodzi prawdopodobnie z VII wieku[2]. Najstarszym przedmiotem w świątyni jest świecznik paschalny datowany na II wiek[2].
Nad tabernakulum znajduje się figura św. Agnieszki, wykonana przez Nicolasa Cordiera[2]. Wykorzystał on starożytny alabastrowy korpus, który uzupełnił elementami z brązu (głowa i kończyny)[2].
Strop kasetonowy pochodzi z roku 1606, jest bogato rzeźbiony, pośrodku wizerunek św. Agnieszki, oprócz niej św. Cecylii i Konstantyny, jednak malowania i złocenia są XIX-wieczne[2].
Nawa główna bazyliki
Sufit
Nawa główna - widok w kierunku chóru
Figura św. Agnieszki nad tabernakulum.
W absydzie znajduje się najcenniejsze i najstarsze dzieło w bazylice – mozaika przedstawiająca św. Agnieszkę oraz papieży św. Symmachusa i Honoriusza I. Powstała ona pomiędzy 625 a 638. Jest przykładem wpływów bizantyjskich.
Kaplice lewej nawy: Bractwa Najświętszego Serca Pana Jezusa, Matki Bożej Pompejańskiej, i Pobożnego Związku Córek Maryi. W centralnej kaplicy można zobaczyć freski z XV wieku, a po bokach dwa freski Giuseppiego Chiari.
Pod bazyliką znajdują się katakumby ponownie odkryte przypadkowo w latach 1865–1866 i odkopywane od 1869. Łączna długość ich korytarzy wynosi 5 km[3].
Ołtarz świętych Szczepana i Wawrzyńca. U dołu marmurowa głowa Chrystusa, kopia dzieła Michała Anioła, XVII w.
Krypta z relikwiami św. Agnieszki i św. Emerencjany
Obchody
W święto patronki 21 stycznia w bazylice są błogosławione dwa jagnięta, wełna z których posłuży do wykonania paliuszy[4].
Kardynałowie prezbiterzy
Bazylika świętej Agnieszki za Murami jest jednym z kościołów tytularnych nadawanych kardynałom-prezbiterom (Titulus Sanctae Agnetis extra moenia). Tytuł ten ustanowił papież Innocenty X w dniu 5 października1654[5].
Obecnie kardynałem prezbiterem św. Agnieszki za Murami jest Camillo Ruini emerytowany wikariusz generalny Rzymu.