Po raz pierwszy księstwo powstało w 1252 roku, kiedy księstwo Anhalt-Zerbst rozdzielono pomiędzy synów Henryka I na księstwa Anhaltu-Aschersleben, Anhaltu-Bernburga i Anhaltu-Zerbst. Księstwo przestało istnieć jednak już w 1561, kiedy zostało połączone z księstwem Anhalt-Zerbst. Druga kreacja księstw miała miejsce w 1603 w wyniku kolejnego podziału księstwa Anhaltu-Zerbst, między synów księcia Joachima Ernesta na księstwa: Anhalt-Dessau, Anhalt-Köthen, Anhalt-Plötzkau, Anhalt-Bernburg i Anhalt-Zerbst.
Drugi syn Joachima Ernesta, książę Christian I zamieszkania w Bernburg. Młodszy syn Christiana I Fryderyk ustanowił odrębne księstwo Anhalt-Harzgerode w 1635 r., które istniało aż do 1709. Książę Anhaltu-Bernburga Wiktor Amadeusz odziedziczył Anhalt-Plötzkau w 1665. Po jego śmierci w 1718 roku jego ziemie znów zostały podzielone i tym samym drugi syn Lebrecht otrzymał księstwo Anhalt-Zeitz-Hoym, które zjednoczyło się z Anhaltem-Bernburgiem w 1812 roku.
W 1803 Anhalt-Bernburg zostało podniesione do rangi księstwa (Herzogtum)[a] przez cesarza Franciszka II Habsburga. Jego syn, książę Karol Aleksander jednak zmarł bezpotomnie 19 sierpnia 1863, po czym Anhalt-Bernburg odziedziczył Leopold IV, książę Anhalt-Dessau, jednocząc tym samym ziemie wszystkich księstw Anhalt.