Vrijwel direct na zijn troonsbestijging brak Filips III met de gegroeide praktijk van Spaanse handel met de opstandelingen in de Noordelijke Nederlanden om de oorlog te financieren. Filips III liet alle in Spaanse en Portugese havens liggende Hollandse en Zeeuwse schepen met hun lading in beslag nemen en de bemanning gevangen zetten. Deze politiek bracht minstens evenveel schade toe aan de Spaanse economie als aan die van de Republiek der Zeven Verenigde Nederlanden.
In 1606 namen Filips en de hertog van Lerma[1] een vredesinitiatief in de richting van de opstandige Nederlanders. Ook de aartshertogenAlbrecht en Isabella waren van mening dat in de Spaanse Nederlanden vrede van het Zuiden met het Noorden nodig was. (Filips II had kort voor zijn dood de Zuidelijke Nederlanden aan de halfzus van Filips III, aartshertogin Isabella van Spanje, cadeau gegeven.) Ze gaven Spinola de opdracht te onderhandelen over een bestand, met als voorwaarden dat de VOC ontbonden moest worden en dat van de oprichting van een West-Indische Compagnie geen sprake kon zijn. Voor Spanje zou dat een nog grotere bedreiging betekenen. Door behendig manoeuvreren van Johan van Oldenbarnevelt kwam het Twaalfjarig Bestand er in 1609 zonder dat de Republiek haar handel op Oost-Azië op hoefde te geven.
Toen in Frankrijk koning Hendrik IV, een voorstander van de oorlog tegen Spanje, overleed op 14 mei1610, brak in Frankrijk een periode van instabiliteit aan. De nieuwe koning, Lodewijk XIII, was te jong om zelf te regeren en zijn moeder werd regentes. Koningin-regentes Maria de' Medici vroeg Spanje om hulp tegen de hugenoten. Daarmee werd de vrede die koning Filips II in zijn laatste dagen had gesloten (de Vrede van Vervins) in 1615 eindelijk bezegeld met een huwelijk tussen Lodewijk XIII en de oudste dochter van Filips, Anna, en het huwelijk tussen de Spaanse kroonprins Filips en prinses Elisabeth van Frankrijk.
↑Francisco Gómez de Sandoval y Rojas (* 1553 in Tordesillas; † 17 mei 1625 in Valladolid), markies van Denia en sedert 1599 hertog van Lerma; hij was een belangrijk politicus en jarenlang de voornaamste adviseur van koning Filips III van Spanje; berucht als vervolger van de islamitisch gebleven bevolkingsgroep in Andalusië (omstreeks 1609); sloot in 1604 een vrede met Engeland; werd in 1618 door paus Paulus V tot kardinaal gewijd.