저마늄 또는 게르마늄은 자연에서 5가지의 안정 동위 원소(70Ge, 72Ge, 73Ge, 74Ge, 76Ge)로 구성되어 있다. 이들 중 76Ge은 천연 동위 원소 중 가장 존재비율이 적은(약 7%) 동위 원소이자[1] 약한 방사능을 띠는 동위 원소로, 1.78×1021년(우주 나이의 약 1300억 배)의 반감기를 거쳐 이중 베타 붕괴를 한다.[2] 안정 동위 원소인 74Ge는 가장 흔한 저마늄 동위 원소로, 전체의 약 36%를 차지한다. 이 밖에 원자량 58~89 사이에 최소 27가지의 인공 방사성 동위 원소가 발견되었으며, 이들 중 가장 안정한 것은 전자 포획을 통해 붕괴하는 68Ge(반감기 270.95일)이다. 붕괴 산물은 의학적인 용도로 많이 사용되는 68Ga로, 양전자를 방출한다. 대부분의 저마늄 방사성 동위 원소는 베타 붕괴한다.
저마늄의 표준 원자량은 72.630(8)u이다.