3차 예선 조 추첨은 2016년 6월 24일 이집트카이로에 있는 아프리카 축구 연맹 본부에서 진행되었다. 2016년 6월 8일, 2016년 6월FIFA 랭킹과 2017년 아프리카 네이션스컵 예선 경기 결과를 반영하여 자체적으로 발표한 특별 FIFA 랭킹을 기준으로 하였다. 발표 이후에 이집트 축구 협회가 이의를 제기하여 기존의 배정된 시드를 취소하고 2016년 6월 21일에 새로이 발표했으나 결국 다시 처음에 발표한 시드 배정으로 결정하였다.
↑나이지리아는 알제리와의 원정 경기에서 부적격 선수를 출전시킨 사실이 발각되어 0-3 몰수패(원래는 1-1 무승부로 기록되었음)를 당했다. 문제의 부적격 선수인 셰후 압둘라히(Shehu Abdullahi)은 이전에 열린 예선 경기에서 2번의 경고를 받아 1경기 출전 정지 처분을 받은 상태였다.
↑남아프리카 공화국과 세네갈의 경기는 원래 남아프리카 공화국의 2-1 승리로 기록되었지만 2017년 9월 6일에 FIFA로부터 무효 처리되었다. FIFA는 해당 경기가 2017년 11월 10일에 다시 실시된다고 밝혔다. 이는 문제의 경기에 나섰던 축구 심판인 조지프 램프티(Joseph Lamptey)가 경기의 승부를 조작하기 위해 남아프리카 공화국의 페널티킥을 선언한 사실이 문제가 되었기 때문이다. 이 사건으로 인해 조지프 램프티는 2017년 3월 20일에 FIFA 징계위원회로부터 심판 자격 영구 박탈 징계를 받았다. 2017년 9월 6일에 스포츠 중재 재판소가 조지프 램프티가 FIFA를 상대로 제기한 이의 신청을 기각하면서 FIFA의 징계가 확정되었다.
