시코탄군(일본어: 色丹郡)은 일본 홋카이도 네무로 지청에 있는 군이다. 원래는 '샤코탄'(斜古丹)으로 불렸으며, 이 이름은 아이누어의 '사크이베·코탄'(=여름의 장소, 지극히 둥근 곳)에서 온 말이다.
면적은 253.33 km2이고, 2010년 현재 이하의 1개 촌을 포함한다.
이 지역은 러시아의 실질적인 지배 상태에 있다. 해당 지역의 영유권에 관한 자세한 것은 쿠릴 열도 및 쿠릴 열도 분쟁 항목 참조.
시코탄섬 전체를 차지하고 서쪽은 시코탄 수도를 사이에 두고 하보마이 군도의 폴론스코고섬(일본명 다라쿠섬)과 마주본다. 섬은 백악기 후기의 지질로 침식에 의해 홋카이도 본섬으로부터 분리된 것으로 보인다. 이 때문에 비교적 완만한 산지·구릉으로 구성되고 샤코탄 만 등 천연의 양항을 가지고 있다.
시코탄섬과 거기에 근접한 작은 섬들로 구성되고 중심 취락은 북단의 샤코탄(斜古丹) 지구로, 정사무소를 포함해 우체국, 출장소 등이 놓여졌고 포경 기지로서도 중요했다.
수산업이 중심이었지만 네무로시로의 조속한 출하가 곤란했기 때문에 가공품 생산이 중심이 되었다.