La città si trova a circa 250 metri s.l.m. sul versante nord-orientale del massiccio dello Harz, nella Germania centrale, ai piedi della loro vetta più alta, il Brocken, sulle autostrade federali B 6 e B 244 e sulla linea ferroviaria da Halberstadt a Vienenburg che collega le città di Halle (Saale) e Hannover.
La città si sviluppa lungo il fiume Holtemme, un affluente del Bode.
Il centro storico è costituito da una città vecchia (Altstadt) ed una nuova (Neustadt).
Non esistono fonti scritte che confermino esattamente la data di fondazione della città. Secondo le ultime ricerche non ci sono state relazioni iniziali con l'abbazia di Corvey e con l'abate Warin, mentre il nome della città suggerisce che si trattava di un insediamento di bonifica.[3]
La prima area ad essere colonizzata fu il Klint, dove si trovava un castello in pianura, il cosiddetto Schnakenburg. Nel 1805 le rovine di questo castello furono demolite. L'unica parte rimasta è la Haus Gadenstedt, che risale all'anno 1582. All'epoca del primo insediamento, sulle alture del Klint c'era ancora un'antica foresta, tipica dello Harz, che dovette essere prima disboscata, da cui il suffisso -rode nel nome della città, che significa "disboscata".
La prima menzione di Wernigerode si ha con un documento legato al vescovo di Halberstadt nel 1121, come parte del ducato di Sassonia, nell'Ostfalia. Nel 1213 viene menzionato il castello di Wernigerode come "castrum" dei conti di Wernigerode.
L'insediamento si sviluppò così che nel 1229 ottenne lo statuto di città, come la vicina Goslar.
Il centro storico è caratterizzato dalla presenza di molto edifici a graticcio ricchi di molti motivi ornamentali.
La città è dominata dal castello di Wernigerode nel suo aspetto stile neogotico databile alla ristrutturazione del XIX secolo.