A maggio del 1992, in qualità di vicepresidente della Camera, sostituisce il presidente Oscar Luigi Scalfaro alla presidenza del Parlamento convocato in seduta comune per l'elezione del presidente della Repubblica: Scalfaro, che prevedeva l'elezione al Quirinale, aveva infatti preferito lasciare lo scranno della presidenza. Alla successiva elezione del presidente della Camera è candidato dal suo partito alla presidenza della Camera dei deputati, ma è eletto al suo posto il compagno di partito Giorgio Napolitano. Nel 1994, al termine della legislatura durata solo due anni, Rodotà decide però di non ricandidarsi, preferendo tornare all'insegnamento universitario.[15]
Nel 2007 presiede a una Commissione Ministeriale istituita al fine di dettare una nuova più moderna normativa del Codice Civile in materia di beni pubblici, la c.d. Commissione Rodotà. Questa commissione voluta da Mastella e presieduta dallo stesso Rodotà ha presentato un disegno di legge delega[16][17] che non è mai stato discusso[18].
Nello stesso anno viene nominato dal Governo Prodi e dall'allora Ministro dell'Ambiente Alfonso Pecoraro Scanio Presidente della Commissione VIA (Valutazione di Impatto Ambientale) del Ministero dell'Ambiente, rinnovandone profondamente il modello e riavviandone i burocratici meccanismi di valutazione ed approvazione dei grandi progetti. Incarico che, tuttavia, lascia nei primi mesi del 2008.
È stato componente del "Gruppo di Consiglieri sulle Implicazioni Etiche delle Biotecnologie" (1992-1997) e del "Gruppo Europeo per l'Etica delle Scienze e delle Nuove Tecnologie" (1997-2005), entrambi presso la Commissione Europea. Tuttavia la sua autorevolezza bioetica, ampiamente riconosciuta a livello internazionale, non ha mai avuto eguale apprezzamento per un suo eventuale ingresso nel Comitato Nazionale per la Bioetica, a causa delle sue posizioni rigorosamente laiche, incentrate sui diritti di autodeterminazione, oltre che per le critiche da lui espresse riguardo alla natura giuridica di tale comitato, in quanto espressione non del pluralismo parlamentare, ma del governo[21].
In risposta ad alcune critiche del giurista alla conduzione dirigenziale del Movimento 5 Stelle, è stato definito da Beppe Grillo «ottuagenario miracolato dalla rete»[28][29]. In seguito, in un'intervista a LA7 Grillo si scusò spiegando che il termine se lo sarebbe dato ironicamente Rodotà stesso in una telefonata e che lui si sarebbe limitato a riportarlo sul suo blog ma in modo linguisticamente ambiguo.[30][31]
Attività riguardanti la comunicazione telematica
Il 29 novembre 2010 ha presentato all'Internet Governance Forum una proposta per portare in Commissione Affari Costituzionali l'adozione dell'articolo 21-bis, che recitava: "Tutti hanno eguale diritto di accedere alla rete internet, in condizione di parità, con modalità tecnologicamente adeguate e che rimuovano ogni ostacolo di ordine economico e sociale".[32]
Nell'ottobre 2014 presiede la commissione parlamentare "Internet, bill of rights"[34], incaricata di redigere i principi generali della comunicazione via Internet, come indirizzo per le leggi italiane in materia e come spunto nel dibattito internazionale.
I suoi contributi maggiori sono stati soprattutto in diritto privato e civile, con uno sguardo forte al diritto costituzionale, nel rapporto tra i diritti costituzionali fondamentali e quelli relativi alle tecnologie dell'informazione, fino dagli anni della loro prima applicazione in Italia nell'ambito della Pubblica Amministrazione. Diversi studi del Rodotà si sono focalizzati sul tema della privacy[39] delle informazioni digitalizzate dei cittadini.
«[... i Rodotà (influente famiglia locale e anima di tante istituzioni culturali e religiose)...]»
^Fra tutti, Pietro Pompilio Rodotà, scrittore, autore dell'opera in tre volumi "Dell'origine, progresso e stato presente del rito greco in Italia" (con la sua copiosa opera che consta di tre volumi, l’autore ripercorre l’epopea del popolo albanese e offre il punto di partenza agli storiografi italo-albanesi successivi), fratello del Vescovo di rito bizantino ordinante degli albanesi di Calabria e primo presidente del collegio Corsini, Mons. Felice Samuele Rodotà.
^ Giovanni Incorvati, Identity and status of the Italian National Bioethics Committee : contrasting paradigms (1990-2006), in Journal International de Bioéthique, vol. 18, n. 1-2, p. 59-83: 77 n. 70.
^Bioetica, su ssst.campusnet.unito.it, Scuola di Studi Superiori Ferdinando Rossi dell'Università degli Studi di Torino - Anno accademico 2013/2014. URL consultato il 26 giugno 2017.
^Costituzione, la via maestra, su radio3.rai.it, Rai - Radiotelevisione Italiana, 11 ottobre 2013. URL consultato il 26 giugno 2017.
^Rodotà, Stefano. "La privacy tra individuo e collettività." Politica del diritto 5 (1974): 545-563.
^Soci onorari, su liberauscita.it, Libera Uscita. URL consultato il 18 maggio 2008.
Comitato Rodotà, su generazionifuture.org. URL consultato il 18 maggio 2020 (archiviato dall'url originale il 6 maggio 2020).
Stefano Rodotà, su emsf.rai.it, Enciclopedia Multimediale delle Scienze Filosofiche. URL consultato il 19 aprile 2013 (archiviato dall'url originale il 4 maggio 2008).