Dopo avere concluso la stagione precedente con un record di 6–10 (dopo avere perso tutte le prime nove gare), i 49ers tentarono di migliorare tale bilancio e raggiungere i primi playoff dal 2013. Tuttavia, diversi infortuni come quello al running backJerick McKinnon e soprattutto quello del quarterbackJimmy Garoppolo nel terzo turno diedero all'annata una piega negativa e la squadra fu eliminata matematicamente dalla corsa ai playoff dopo una sconfitta nella settimana 13 contro i Seattle Seahawks. Due settimane dopo, tuttavia, i 49ers batterono i Seahawks 26-23 ai tempi supplementari in casa, interrompendo una striscia di 10 sconfitta consecutive contro i rivali di division che era iniziata nei playoff 2013. La stagione si chiuse con un record di 4-12, perdendo tutte le 8 gare in trasferta per la prima volta dal 1979.
La difesa dei 49ers stabilì diversi record NFL negativi. Essa fece registrare solo due intercetti superando il precedente primato di tre. A titolo di paragone, 40 diversi giocatori nel 2018 ebbero un numero maggiore di intercetti dell'intera squadra dei 49ers. Inoltre la squadra forzò solamente 7 palloni persi dagli avversari, contro il precedente primato di 11.
Il primo ruolo è il principale mentre gli eventuali successivi indicano i ruoli secondari.
(IR) sta per Injured Reserve ed indica la lista ristretta per un solo giocatore infortunato che può tornare ad allenarsi dopo la settimana 6 e a rientrare in prima squadra dopo che questa ha giocato 8 partite.
(NF-Inj.) / (NF-Ill.) stanno rispettivamente per Non-Football Injured e Non-Football Illness ed indicano le liste dove viene inserito un giocatore che ha un infortunio o una malattia non dipendente dal football americano.
(PUP) sta per Physically Unable to Perform ed indica la lista dove viene inserito un giocatore mentre è in attesa di recuperare la condizione fisica. Nella stagione regolare dopo la sesta partita giocata dalla propria squadra, il giocatore ha tempo tre settimane per riprendere ad allenarsi, più tre settimane aggiuntive dal suo rientro agli allenamenti per rientrare in prima squadra.
Calendario
Stagione regolare
Il calendario della stagione è stato annunciato il 19 aprile 2018.[2]
^Precede Philadelphia in base alla percentuale di vittorie negli scontri diretti.
^Preceduta da Carolina in base alla percentuale di vittorie negli scontri diretti.
^Secondo le regole della NFL, quando sono necessari spareggi tra tre o più squadre, si effettuano prima quelli nella division, poi vengono considerate solo le squadre rimanenti col punteggio più alto di ogni division.