La stagione 2012 dei San Francisco 49ers è stata la 63ª della franchigia nella National Football League e la seconda con come capo-allenatore Jim Harbaugh. È stata la penultima stagione a Candlestick Park prima che la squadra si trasferisse nel nuovo Levi's Stadium. Dopo avere terminato con un record di 13-3 e avere raggiunto la finale della NFC l'anno precedente, i 49ers vinsero la loro prima finale di conference dal 1994, recuperando uno svantaggio 17–0 e battendo gli Atlanta Falcons 28–24 il 20 gennaio 2013. La stagione, tuttavia, si concluse con la loro prima sconfitta di sempre al Super Bowl, cedendo ai Baltimore Ravens 34-31.
Il primo ruolo è il principale mentre gli eventuali successivi indicano i ruoli secondari.
(IR) sta per Injured Reserve ed indica la lista ristretta per un solo giocatore infortunato che può tornare ad allenarsi dopo la settimana 6 e a rientrare in prima squadra dopo che questa ha giocato 8 partite.
(NF-Inj.) / (NF-Ill.) stanno rispettivamente per Non-Football Injured e Non-Football Illness ed indicano le liste dove viene inserito un giocatore che ha un infortunio o una malattia non dipendente dal football americano.
(PUP) sta per Physically Unable to Perform ed indica la lista dove viene inserito un giocatore mentre è in attesa di recuperare la condizione fisica. Nella stagione regolare dopo la sesta partita giocata dalla propria squadra, il giocatore ha tempo tre settimane per riprendere ad allenarsi, più tre settimane aggiuntive dal suo rientro agli allenamenti per rientrare in prima squadra.
^ab Kegley, Scott, 49ers-Seahawks Flexed to Sunday Night Football, su blog.49ers.com, 49ers.com, 10 dicembre 2012. URL consultato il 7 agosto 2014 (archiviato dall'url originale il 15 febbraio 2013).