Proveniva da una famiglia di pittori. Suo padre, Andreas Bottschild il Vecchio, era un pittore di affreschi e anche suo fratello Johann Andreas, che aveva undici anni più di lui, era un pittore. Samuel ricevette le sue prime lezioni da entrambi. Dal 1660 fu attivo nella zona di Lipsia e poi si trasferì a Dresda.
Mentre Bottschild inizialmente si dedicava alla pittura e principalmente ai ritratti, dopo il suo viaggio in Italia si dedicò alla pittura dei soffitti. Nel 1693 l'incisore di corte, Moritz Bodenehr, pubblicò una raccolta di incisioni tratte dai dipinti di Bottschild. Si intitola Opera varia historica, poetica et iconologica.