Essendo stato attivo nel corso della II Guerra Mondiale nella capitale croata, dove governava il regime ustascia, oltre che responsabile musicale di tutte le orchestre della Croazia, al termine del conflitto viene considerato dal nuovo potere stalinista un "nemico del popolo" e, internato in un campo di prigionia, in un primo momento viene condannato a morte. Lo salva l'intervento dell'ideologo dei comunisti jugoslavi Moša Pijade (ebreo come la moglie di Matačić), che intercede presso il Maresciallo Tito. Questi in seguito assisterà a numerosi suoi concerti e direzioni operistiche e tra i due nascerà una strana amicizia (si dice in proposito, e Matačić non lo ha mai smentito, che alla notizia della morte del maresciallo si astenne dal dirigere il concerto che aveva in programma quella sera alla Scala[senza fonte]). In anni precedenti gli era stato però vietato di dirigere a Zagabria, ma ciò non gli aveva impedito di diventare uno dei padri dei Giochi Estivi di Ragusa, la più importante manifestazione musicale del paese.