Gioca prevalentemente nel ruolo di attaccante sull'ala destra, ma all'occorrenza può ricoprire tutti i ruoli offensivi, oltre che quello di esterno di centrocampo. Fárfan è dotato inoltre di buona velocità, buona resistenza fisica e di un ottimo dribbling.[3] Sa anche essere pericoloso su calcio di punizione,[4] oltre a sapere fornire assist ai compagni.[5]
Carriera
Club
Deportivo Municipal
Jefferson è nato nel quartiere di Villa El Salvador, a Lima, e ha iniziato nelle giovanili del Deportivo Municipal.
Alianza Lima
Farfán ha iniziato la sua carriera da professionista con l'Alianza Lima, con cui ha firmato un contratto nel 1999, a soli 15 anni. Ha debuttato in prima divisione con l'Alianza il 28 luglio del 2001, a 17 anni, in un match giocato contro il Deportivo Wanka. Farfán ha cominciato a sfondare solo nel 2002, diventando un giocatore di impatto, aiutando l'Alianza a vincere il campionato peruviano nel 2003, segnando il gol della vittoria ai tempi supplementari nella finale contro lo Sporting Cristal. Nella sua ultima stagione con il club nel 2004, Farfán ha segnato 14 gol, aiutandolo a vincere il Torneo di Apertura.
PSV Eindhoven
Nel giugno del 2004 si è trasferito al PSV Eindhoven per una cifra di 1,8 milioni di euro, firmando fino al 2010. Con il PSV ha segnato sia gol importanti nel campionato olandese che in Champions League, raggiungendo le semifinali nella stagione 2004-2005. Nella stagione 2005-2006 è stato vicino all'accordo con i club inglesi di Chelsea e Portsmouth. A metà del 2008 dopo aver vinto il quarto titolo con il PSV, la squadra olandese ha raggiunto un accordo pari a circa 17 milioni di euro con lo Schalke 04.
Schalke 04
Il 10 giugno del 2008 lo Schalke 04 ha confermato ufficialmente il trasferimento. Farfán ha firmato per quattro stagioni con il club tedesco. Considerato uno dei migliori giocatori del club della Ruhr, e anche uno dei più amati dai tifosi, durante la sua carriera nel club tedesco, Jefferson ha segnato gol importanti che hanno portato in molte occasioni alla vittoria della sua squadra. Nel marzo del 2011 ha segnato due gol contro il Valencia in Champions League, facendo approdare lo Schalke 04 ai quarti di finale. All'ottantaduesimo minuto di gioco di Bayer Leverkusen-Schalke 04, Fárfan segnò recuperando una palla nella sua area, percorrendo 80 metri in 10 secondi, segnando un gol da velocista.
Nel 2011 si è cominciato a discutere di un possibile trasferimento di Farfán ad un club spagnolo, dato che il suo contratto scadeva nel 2012, ma alla fine il peruviano è rimasto al club tedesco.
Al-Jazira
Il 23 luglio 2015 firma un contratto triennale con l'Al Jazira.Tuttavia l'avventura si rivela poco fortunata e il giocatore rescinde il contratto l'anno successivo
Lokomotiv Mosca
Il 28 febbraio 2017, dopo un breve periodo da svincolato, firma con il Lokomotiv Mosca. Nel giugno del 2018 poco prima dell'appuntamento mondiale ha rinnovato il suo contratto fino al giugno 2020 con il club russo.[6]
Nazionale
Farfan partecipò al Campionato Sudamericano U-17 del 2001 e successivamente ai Giochi bolivariani dello stesso anno, vincendolo. Nel 2003 ha partecipato al Campionato Sudamericano U-20, con una buona prestazione. In seguito fu convocato per il Torneo Pre-Olimpico U-23, tenutosi l'anno successivo. Ha inoltre partecipato alla Coppa America nel 2004 e nel 2007, mostrando buone prestazioni.
Farfan ha partecipato alle qualificazioni ai Mondiali di Germania 2006 (dove ha segnato 7 gol) e Sud Africa 2010. Il 7 dicembre 2007 con i compagni Santiago Acasiete, Claudio Pizarro e Andres Mendoza, è stato sospeso per 18 mesi dalla nazionale peruviana per il loro coinvolgimento in atti di negligenza dopo il pareggio contro il Brasile a Lima. Il 27 marzo 2008 è stato annunciato dalla stampa locale la multa inflitta a Farfán e agli altri 3 giocatori coinvolti di 20000 $ ciascuno (oltre alla sospensione).
Nel 2010 Farfán torna in nazionale con l'avvento in panchina di Sergio Markarián. Dopo aver vinto le prime tre partite con la nazionale, l'allenatore Sergio Markarián ha osservato che Farfán è stato un elemento indiscutibile nella squadra. Nell'ottobre dello stesso anno, la squadra ha giocato la quarta partita contro Panama, che ha perso 1-0 e, in quella stessa notte, Farfán e altri giocatori sono scappati dall'hotel dove alloggiavano per andare ad un casinò.[7] Markarián li separò dal gruppo a causa della loro indisciplina, ma riapparve in nazionale nel 2011, per le qualificazioni alla Coppa del Mondo 2014. Nel settembre del 2012 Jefferson Farfán fu protagonista della rimonta per 2-1 ai danni del Venezuela, dopo aver segnato una doppietta in 12 minuti. Il 22 marzo 2013 ha segnato un gol nel finale che ha dato la vittoria al Perù per 1-0 sul Cile. Il 6 settembre 2013 ha segnato un gol calcio di punizione contro l'Uruguay che non ha impedito la sconfitta per 1-2 ai danni della blanquirroja a Lima.
Nel giugno 2018 partecipa con il Perù ai mondiali 2018,[8] qualificazione a cui i peruviani si sono qualificati dopo 36 anni[9] anche grazie al suo contributo.[10][11]
Convocato per la Copa América 2019,[12] causa infortunio gioca solo 3 delle 6 gare della squadra, infortunandosi prima dei quarti di finale contro l'Uruguay.[13][14] Senza di lui il Perù è arrivato fino in finale, dove ha perso per 3-1 contro il Brasile padrone di casa.[15] Nella competizione ha realizzato un goal nel vittorioso 3-1 contro la Bolivia.[16]
Il 14 ottobre 2021 raggiunge quota 100 presenze in occasione della sconfitta per 1-0 contro l'Argentina.[17]