Giovanni Antonio Facchinetti de Nuce (Bologna, 10 marzo 1575 – Roma, 18 maggio 1606) è stato un cardinale italiano.
Nacque a Bologna il 10 marzo 1575, figlio del senatore Cesare Facchinetti e Giovanna Sampieri.
Papa Innocenzo IX, il suo prozio, lo elevò al rango di cardinale nel concistoro del 18 dicembre 1591 e fino alla nomina del cardinale Giovanni Battista Deti, effettuata da Clemente VIII, è stato il porporato italiano più giovane.
Morì il 18 maggio 1606, all'età di 31 anni, e fu sepolto nella chiesa di Santa Maria Scala Coeli in Roma.