Una flottiglia (dallo spagnoloflotilla[1]) è una formazione di piccole navi da guerra, che possono far parte di una flotta più grande. Una flottiglia è generalmente composta da un gruppo omogeneo di navi appartenenti alla medesima classe navale, come ad esempio: cacciatorpediniere, fregate, torpediniere, cannoniere, sommergibili, ecc. Gruppi di navi più grandi sono generalmente chiamati squadroni; ma unità simili di navi non capitali possono essere chiamate squadroni in alcuni casi e flottiglie in altre. Formazioni comprendenti più di una nave capitale, ad esempio man-of-war, nave da battaglia e portaerei, tipicamente insieme alle navi più piccole e alle unità di supporto, sono generalmente chiamate flotte, ciascuna delle quali guidata da una nave capitale è uno squadrone o una task force (vedi tabella sotto).
Una flottiglia è generalmente comandata da un retroammiraglio, da un commodoro o da un capitano, a seconda dell'importanza del comando (un viceammiraglio normalmente comanderebbe uno squadrone). Una flottiglia è spesso divisa in due o più divisioni, ognuna delle quali può essere comandata dal comandante più anziano, quasi sempre un tenente come minimo. Una flottiglia è spesso, ma non necessariamente, una formazione permanente.
Nelle flotte moderne, le flottiglie tendono a diventare unità amministrative contenenti diversi squadroni[2]. Man mano che le navi da guerra sono diventate più grandi, il termine squadrone ha gradualmente sostituito il termine flottiglia per le formazioni di cacciatorpediniere, fregate e sottomarini in molte marine militari.
Una flottiglia navale non ha generalmente una unità militare terrestre perfettamente corrispondente; tuttavia, un livello equivalente potrebbe essere quello di reggimento o brigata.
Nella marina imperiale russa, poi nella marina sovietica ed infine nella marina russa, il termine flottiglia è impiegato per le unità navali fluviali o comunque operanti in acque chiuse (fiumi e laghi) e non in acque aperte (mari e oceani). Di queste unità, l'unica che sopravvive ancora oggi è la Flottiglia del Caspio, ma in passato vi sono state decine di flottiglie.
Nella Regia Marina, la flottiglia (comandata da un capo flottiglia, solitamente imbarcato su di una unità estranea alle squadriglie, che inizialmente era un esploratore, poi dopo la riclassificazione un cacciatorpediniere conduttore) era un raggruppamento di 2 o più squadriglie. Tra le flottiglie vi furono quelle armate di MAS.
Il termine flottiglia può anche essere impiegato in ambito non militare, ma sempre in ambito nautico per riferirsi ad una piccola flotta di navi, ovvero ad gruppo di imbarcazioni con caratteristiche simili che navigano insieme o che condividono proprietà, base, sponsor, obiettivo o marchio; come, ad esempio, nel caso di una regatavelica (anche non competitiva) o della Freedom Flotilla.
«Naval units follow somewhat more-flexible organizational guidelines. Administratively, several ships of the same type (e.g., destroyers) are organized into a squadron. Several squadrons in turn form a flotilla, several of which in turn form a fleet. For operations, however, many navies organize their vessels into task units (3–5 ships), task or battle groups (4–10 ships), task forces (2–5 task groups), and fleets (several task forces).»
«Flotillas in the same general geographic area are grouped into Divisions. The Division provides administrative, training and supervisory support to Flotillas and promotes District & National policy. The Flotilla is the basic organizational unit of the Auxiliary and is comprised of at least 15 qualified members who carry out the day-to-day missions of "Team Coast Guard". Every Auxiliary member is part of a Flotilla.»