L'embrione della società risale al 1995 quando un gruppo di amici, da anni impegnati nei tornei amatoriali locali, decidono di dare vita a una società sportiva che tre anni più tardi viene affiliata alla FIGC. Nelle prime stagioni la "Sport Sipontum" – così chiamata per distinguerla da altre compagini cittadine – partecipa al campionato regionale pugliese senza imperativi di risultato, proponendosi fondamentalmente come un'attività ricreativa per i suoi tesserati. La stagione 2002-03 è quella della svolta, grazie anche all'ingresso di nuovi dirigenti che vanno ad affiancare il presidente Pasquale Spera e il suo vice Matteo Pacilli. La squadra si qualifica per la prima volta ai play-off, nei quali viene eliminata al primo turno. Con la scissione del campionato regionale in due categorie, durante l'estate la Sipontum viene tuttavia ammessa nella neonata Serie C1. Nella stagione 2003-04 la presidenza della società viene assunta da Fabio De Salvia, che imporrà alla squadra una mentalità più competitiva. I risultati non tardano ad arrivare: superate nei play-off le forti Martina e Azzurri Conversano, la squadra sipontina conquista la promozione in Serie B[1].
Serie B
Ribattezzata nel 2006 "Calcio a 5 Manfredonia"[2], la squadra si consacra gradualmente come una delle realtà più stabili e longeve della Serie B, disputandovi – pur con qualche difficoltà – quindici edizioni consecutive. In occasione del ventennale della fondazione, nel campionato 2017-18 la società, presieduta nel frattempo da Sante Leone, assembla una squadra competitiva, dichiarando di non accontentarsi della salvezza[3]. Nonostante al termine della stagione regolare il Manfredonia si classifichi al quinto posto, miglior piazzamento ottenuto fino ad allora, e si qualifichi per la prima volta ai play-off promozione, il salto di categoria è rimandato alla stagione seguente. La regolarità nelle prestazioni fornite durante l'intera stagione 2018-19 consentono alla squadra di migliorare di una posizione il piazzamento precedente e prendere parte nuovamente ai play-off, circoscritti per la prima volta ai singoli gironi della categoria. Dopo aver eliminato le Aquile Molfetta nel primo turno, in quello successivo il Manfredonia supera anche il Lausdomini, ribaltando in trasferta la sconfitta patita all'andata e quindi aggiudicandosi ai rigori la promozione in Serie A2[4].
Cronistoria
Cronistoria del C5 Manfredonia
1998 · Fondazione della Sport Sipontum C5.
1998-99 · Disputa il campionato regionale pugliese.
1999-00 · Disputa il campionato regionale pugliese.
2000-01 · Disputa il campionato regionale pugliese.
2001-02 · Disputa il campionato regionale pugliese.
2002-03 · Disputa il campionato regionale pugliese. Ammessa in Serie C1.
