Kereta api Pasundan pertama kali beroperasi pada musim mudik Hari Idul Fitri tahun 1996[butuh rujukan]untuk mendampingi kereta api Badrasurya — merupakan singkatan dari lintas yang dilaluinya yakni Bandung Raya–Surabaya. Kereta api Badrasurya yang telah beroperasi sejak tahun 1970-an merupakan layanan kereta api kelas ekonomi, tetapi titik keberangkatan kereta api tersebut berada di Stasiun Bandung. Karena adanya kebijakan penyederhanaan layanan yang dilakukan oleh Perumka menyebabkan kereta api Badrasurya berhenti beroperasi sehingga hanya kereta api Pasundan yang melayani.[butuh rujukan]
Mulai 1 Desember 2019, kereta api Pasundan bertukar rangkaian dengan kereta api Kahuripan di Stasiun Kiaracondong. Pada tanggal yang sama, kereta api Pasundan mulai melayani penumpang reguler di Stasiun Ngawi yang sebelumnya hanya melayani penumpang ke arah Surabaya.
Hingga akhir tahun 2024, kereta api Pasundan belum mendapatkan peremajaan sarana.
Tarif
Harga tiket Kereta api Pasundan tidak mendapatkan subsidi dari pemerintah dengan harga mencapai Rp 250.000—320.000 menjadikannya sebagai kereta api termurah jika ingin bepergian dari Surabaya ke Bandung maupun sebaliknya.[3]
Pada hari Jum'at tanggal 27 Juni 2014 pukul 07.45 WIB, terjadi peristiwa luar biasa hebat (PLH) Anjlokan KA 160 Pasundan di jembatan BH No. 1055 Km 236+100/400 petak jalan antara Cipeundeuy–Cirahayu, lintas Bandung–Banjar, wilayah operasional Daop II Bandung. Menurut Laporan Akhir Komite Nasional Keselamatan Transportasi, peristiwa ini disebabkan oleh adanya tiga bantalan lapuk berurutan di BH 1055, Km 236+100/400 sehingga tidak mampu menahan gaya dinamika kereta api. Beberapa faktor yang berkontribusi yakni, tidak dipasangnya semboyan pembatas kecepatan, serta kegagalan sambungan rel dengan pengelasan yang tidak baik.[5]
Pada 11 Januari 2016, kereta api Pasundan menabrak truk bermuatan pasir di perlintasan sebidang Km 369+700/800 petak jalan antara Jeruklegi–Kawunganten tepatnya di Desa Kubangkangkung, Kawunganten, Cilacap. Insiden ini tidak menimbulkan korban jiwa namun kereta api Pasundan sempat tertahan di lokasi kejadian sekitar 2 jam karena menunggu lokomotif pengganti dari Kroya.[6]
Pada 5 April 2016, kereta api Pasundan mengalami anjlok di petak jalan antara Leles–Lebakjero. Kejadian ini menyebabkan sejumlah kereta api tertahan di Stasiun Cibatu.[7]
Pada 30 Mei 2024 sekitar pukul 23.54 WIB, terjadi insiden pelemparan oleh sekelompok suporter sepakbola terhadap kereta api Pasundan saat melintas di JPL 5 Jalan Ambengan, Kota Surabaya, tepatnya di Km 3+700/800 di petak jalan antara Surabaya Gubeng–Surabaya Kota. Kejadian ini mengakibatkan kaca pecah di tujuh sarana kereta api Pasundan.[8][9]
Hanya berisi layanan kereta api yang dioperasikan oleh induk perusahaan. Untuk layanan yang dioperasikan oleh anak perusahaan, lihat Templat:KAI Commuter untuk layanan KAI Commuter, Templat:KAI Bandara untuk layanan KAI Bandara dan Templat:KCIC untuk layanan KCIC/Whoosh