Միքայել V Կալաֆաթոսի հայրը՝ Ստեփաննոս Կալաֆաթոսն (Խծուծող բանվոր) էր, իսկ մայրը՝ Մարիան, Միքայել IV Պափլագոնացու քույրը։ Նրա հոր մականունը արտացոլում էր իր մասնագիտությունը՝ նա խծուծում ու խեժապատում էր կառուցված նավերը։
Մարիան ու Միքայել IV Պափլագոնացին ունեին ևս 4 եղբայր՝
Ներքինի Հովհան Օրֆանոտրոֆ (Անապահովներին կերակրող) - զբաղեցրել էր կյուրապաղատի պաշտոն.
1034 թվականի ապրիլի 11-ին, Զատիկի նախօրեին լոգարանում Ռոմանոս III Արգիրոսի մահից հետ (խոսակցություններ են եղել, որ կայսրին թունավորել են Հովհան Օրֆանոտրոֆը և կայսրուհի Զոյան), իշխանությունը հայտնվում է վերջինիս ձեռքում։ Շուտով Հովհան Օրֆանոտրոֆը համոզում է տարիքավոր կայսրուհուն շուտափույթ միավորվել ամուսնությամբ Միքայելի հետ և նրան հռչակել կայսր։ Զոյային երկար համոզելու կարիք չի լինում, և իշխանությունը անցնում է եղբայրների ձեռքը՝ կայսրը Միքայել IV Պափլագոնացու և Հովհան Օրֆանոտրոֆի։