A tekintélyes arisztokrata gróf zabolai Mikes család sarja. Apja, gróf zabolai Mikes Benedek (1819–1878) Ferenc József szárnysegédje, anyja Sophie Moser (1839–1921) volt.[4] Édesapját kétéves korában elvesztette, így neveltetéséről édesanyja gondoskodott. Középiskoláit Kalksburgban végezte, később a teológiát az innsbrucki papi szemináriumon végezte el, 1899. június 29-én szentelték pappá.[3]
Püspöki tevékenysége kezdetén megalapította az Egyházmegyei Takarékpénztárt és 1913. március 1-jével napilappá fejlesztette a Szombathelyi Újságot. Új plébániákat alapított, főként Zalában. Szombathelyre, szülővárosába hozatta Szent Márton ereklyéit, a szombathelyi székesegyház külsejét pedig helyreállíttatta. Az első világháború kitörése után a répceszentgyörgyi püspöki nyaralóban hadikórházat rendezett be[3] és két ízben is személyesen ellátogatott a frontvonalon harcoló magyar katonákhoz: először 1917 júniusában a keleti frontra, majd 1918 szeptemberében az olasz frontra.
A Horthy-korszakban legitimistaként fontos szerepe volt IV. Károly király visszatérési kísérleteiben. 1921. március 31-én a szombathelyi püspöki palotában látta vendégül az uralkodót.[3][6] Az egyházfő tevékenysége nem volt példa nélküli: Szombathelyen Mikes János püspök volt a konzervatív legitimista keresztényszocialista szervezkedés mentora. A szintén legitimista Pehm (a későbbi Mindszenty) Józsefet zalaegerszegi plébánossá nevezte ki és képességeiben bízva, neki is mentora volt.
Püspökége alatt Kőszegen fiúinternátus és verbita missziós központ, Szombathelyen az Annuntiata Nővérek anyaháza és a szalézi atyák intézete, Zalaegerszegen ferences rendház és a Notre Dame nővérek nevelőintézete létesült. Püspökségének legkiemelkedőbb eseménye az 1927-es egyházmegyei zsinat volt,[3] melynek legfontosabb megvalósításaként az egyházmegye területén új plébániákat és lelkészségeket hoztak létre. Megromlott a kapcsolata azonban a káptalannal, s személy szerint Rogács Ferenc kanonokkal. Ez az egyházi vagyon elszámolása körüli vita, végül egyik fő oka volt egészségi állapotában való romlásának és püspökségéről való lemondásának.[7]
Mikes János 1935. december 31-én nyugállományba vonult, XII. Piusz pápa1939-ben selimbriai címzetes érsekké nevezte ki.[3]1945. március 28-án – a szovjet Vörös Hadsereg bevonulása közben – répceszentgyörgyi nyaralójában érte a halál. A szombathelyi székesegyházban temették el.
Művei
Pro Transsylvania. Fölolvasta... Budapesten az Országos Kaszinóban 1916. november 18-án rendezett estélyen. Budapest, 1916
Szent István, a honalapító. Budapest, 1916
Kommunismus und Nationalismus im Lichte der christlichen Weltanschauung.Bécs(?), 1934 (lengyelül: Poznań, 1935)[3]
Varga János: Mikes püspök fogsága; Martineum Ny., Szombathely, 1921
Székely László: Emlékezés Mikes János gróf szombathelyi megyéspüspökről; szerk., jegyz., utószó Soós Viktor Attila, fotóvál., tan. Bakó Balázs; Magyar Nyugat, Vasszilvágy, 2009 (A Magyar Nyugat történeti kiskönyvtára)
Tanulmányok gróf Mikes János szombathelyi megyéspüspökről; szerk. Bakó Balázs, Pál Ferenc; Martinus, Szombathely, 2015 (Géfin Gyula kiskönyvtár)
