Nem szabad említés nélkül hagyni, hogy Kiss-Rigó Lászlóról 1989 július negyedikén keletkezett úgynevezett "hatos karton", azaz az állambiztonság nyilvántartásba vette mint hálózati személyt. Maga a nyilvántartásba vétel még egyáltalán nem bizonyítja hogy az adott ember érdemi jelentéseket is készített volna bármiről vagy bárkiről, ugyanakkor az adatlap alapján Kiss-Rigó az együttműködést szívesen vállalta, valamint lojális és hű volt az őt beszervező rendszerhez.
2006. március 3-án az Élet és Irodalom című politikai és irodalmi hetilapban megjelent "Rés vagy erős bástya?" c. leleplező cikkben korabeli ÁVH iratokra hivatkozva, mint a Kádár-rendszer ügynökét azonosították. A cikk írója ellen Kiss-Rigó László pert indított, amit később meg is nyert első és másod fokon. A bírósági ítélet indoklása szerint a korabeli eredeti dokumentumok és az azt kiállító, (a perben tanúskodó) ÁVH beszervező tiszt ellentétes tanúvallomása szerint, Kiss-Rigó László nem volt ügynök akit 1989-ben hazafias minősítéssel beszerveztek.[4][5][6][7][8][9][10]
Kiss-Rigó László nyújtja át 2008-tól a magyar alapítású nemzetközi irodalmi díj, a Balassi Bálint-emlékkard ünnepségén az egyik szablyát.[11]2009-től ő celebrál az emlékkardhoz kapcsolódó Balassi-mise alkalmain.
2010 februárjában Hódmezővásárhelyen részt vett a Fidesz–KDNP kampányrendezvényén, ahol a pártszövetség melletti szavazásra buzdította a jelenlevőket.[12] Tettét többen kritizálták.[13][14] A Magyar Szocialista Párt sajtótájékoztatóján bocsánatkérésre szólította föl a főpapot, és tiltakozott az ellen, hogy „bármely egyház nyíltan kiálljon a választásokon egy párt mellett és kampányoljon egy másik politikai közösség és annak tagjai ellen.” Az MSZP véleménye szerint a püspök ezzel megbántotta a párt hívő szavazóit.[15] A Jobbik Magyarországért Mozgalom azt sérelmezte, hogy visszautasította a párt meghívását szegedi rendezvényükre, jóllehet szerintük a Jobbik – a Fidesz–KDNP-vel ellentétben – „nem csak nevében keresztény, hanem programjában is kiáll a keresztény értékek mellett.”[16] A főpásztor az őt ért kritikákra válaszul kijelentette, hogy nem közösített ki senkit, és párbeszédre hívta az MSZP szóvivőjét, Nyakó Istvánt.[17] Véleménye szerint jelenleg csak egy olyan párt van, ami „hitelesen tudja képviselni a keresztény egyház által vallott józan és észszerű értékeket.” Hozzátette azt is, hogy a baloldali értékek keresztény értékek is, valamint hogy a liberális értékek is fontosak a keresztény egyháznak.[18]
