Rajačić a szerb nemzeti mozgalom egyházi és politikai vezetőjévé vált. A magyarellenes Jelačićot1848. június 5-én ő iktatta be báni hivatalába, és szövetséget kötött vele. Rajačić a császári udvar híve volt, Béccsel Ferdinand Mayerhofer von Grünbühl alezredesen, a belgrádi osztrák konzulon keresztül tartotta a kapcsolatot. 1848. július 24-én a magyar kormány megfosztotta érseki hivatalától. Az olmützi alkotmány kibocsátása után szembefordult az osztrák császári ház politikájával.