VI. Henrik császár halála után néhány német herceg megválasztotta az elhunyt császár öccsét, Sváb Fülöpöt német királlyá 1198 márciusában. Ellenfeleik előbb Zahringeni Bertold herceghez, visszalépését követően III. Bernárd szász herceghez fordultak – sikertelenül.[1] Ezután a néhai Oroszlán Henrik legidősebb fiát keresték fel, aki azonban még a Szentföldön tartózkodott VI. Henrik embereivel.[1] Végül is nagybátyja, Oroszlánszívű Richárd tanácsára – és pénzügyi támogatásával – öccsét, Ottót választották meg 1198. július 9-én[1]Kölnben.[3] Ottó hamarosan megszerezte a hatalmat Aachen, a koronázó város felett és megkoronáztatta magát Adolf kölni bíborossal1198. július 12-én. A koronázás nem az igazi koronázási ékszerekkel ment végbe, mivel azok a Stauf-ház (Hohenstaufok) kezében voltak.
Polgárháború
A háború kitöréséig nem sokat kellett várni.[1] A Mosel folyó menti összecsapás eredmény nélkül zárult, ám a cseh csapatok támogatásával Fülöp 1199-re fölénybe került.[1] (Ottó megválasztása háborút robbantott ki Anglia és Franciaország között is, mivel Fülöp, szövetségben állt a franciákkal, Ottó pedig az angolokkal.)
Az ekkor meginduló tárgyalások nem vezettek eredményre, de Ottó számára kedvező fordulatot hozott, hogy 1201-ben – a máskülönben Fülöp unokaöccsének, a későbbi II. Frigyesnek a gyámja – III. Ince pápa őt ismerte el, ami jelentősen megnövelte hívei számát.[1] Elismeréséért cserébe a neussi szerződésben lemondott a pápa által addig visszafoglalt területeken (Ancona, Spoleto, a mathildi birtokok) gyakorolt birodalmi jogokról.[4]
Fennhéjázó magatartása miatt azonban hívei sorban elfordultak tőle.[4] Így tett 1204-ben saját testvére, a rajnai palotagróf, Henrik, valamint az őt megválasztó kölni érsek is.[4] Az alsó-rajnai fejedelmek Fülöp mellé állását, valamint az 1206-ban Wassenbergnél elszenvedett vereségét követően tárgyalásokba kezdett ellenfelével, de nem fogadta el annak ajánlatait.[4] A fordulópontot csak Fülöp meggyilkolása hozta.[4]
Egyeduralkodóként
Ezt követően Ottó – a megbékélés formájaként – eljegyezte Fülöp leányát, Beatrixot.[4] (Így egykori ellenfelének birtokai is kezébe kerültek.[4]) Az 1208. november 11-eifrankfurti választáson már elnyerte minden herceg támogatását.
Miután Speyerben megújította a neussi szerződést és lényegében lemondott a wormsi konkordátumról,[4] Ottó 1209-ben[3] Itáliába indult.[4] Rómában Ince pápa 1209. október 4-én[3] császárrá koronázta,[4] de egyben ez volt az utolsó baráti cselekedet köztük.[4] Ottó ugyanis a koronázást követően szembefordult a pápával, újra birodalmi kormányzás alá vette az általa korábban átengedett területeket, sőt Incének tett egyéb ígéretei ellenére megtámadta Apuliát, Ince gyámfia, II. Frigyes birtokát.[4]
Ezzel megtörtént a szakadás: Ince 1210 novemberében átokkal sújtotta a császárt.[3] Ottó ennek ellenére már a Szicíliába való átkelésre készülődött, ám a Németországból érkező hírek visszatérésre kényszerítették.[4] Közben ugyanis a nürnbergi fejedelmi gyűlés megfosztotta trónjától, és követeket küldött az ifjú II. Frigyeshez, aki 1212 tavaszán útra kelt a birodalom felé.[4] Itt Ottó fivére, Henrik palotagróf már meg is kezdte a harcot a Hohenstauf hívek ellen.[4]
Újabb polgárháború
Újra kezdődtek a belháború viszontagságos évei.[4] A hazasiető császár a Frigyeshez pártoló cseh királyt trónfosztottnak nyilvánította, majd a magdeburgi érsekkel és I. Hermann türingiai tartománygróffal vette fel a küzdelmet.[4] Hogy a Hohenstauf híveket megnyerje, most került sor a Fülöp leányával tartandó esküvőre.[4] Ez a számítása azonban nem vált be – felesége egy hónapon belül meg is halt.[4]
Miután Frigyes átkelt az Alpokon, Ottó Breisach mellett szándékozott feltartóztatni, ám az ellene felkelő polgárok kiverték a városból.[4] Híveinek tábora ezután egyre szűkült.[4] A brabanti herceg leányával 1214-ben megkötött második házassága már csak egy kétségbeesett lépés volt új támogató megnyerésére.[4] Végül kénytelen volt nagybátyjához, Földnélküli János angol királyhoz fordulni segítségért, aki ekkor a Hohenstaufokkal szövetséges Franciaországban harcolt.[5] Ottó Flandriába vonult seregével, ám az egyesített angol–Welf haderő Bouvines mellett vereséget szenvedett II. Fülöp Ágost francia királytól[6]1214. július 27-én.[3]
Ottó halála
Az ütközet eldöntötte Ottó császárságának sorsát.[6] A minden hatalmától megfosztott Ottó előbb Kölnbe,[6] majd braunschweigi családi birtokaira húzódott vissza.[3][6] Hátralévő éveit már itt töltötte el, de a császári címről soha nem mondott le.[6]1218. május 19-én, Harzburg várában[3] bekövetkezett halálát, a középkorral foglalkozó történész, Ernst Kantorowicz (1895–1963) így írja le: „eltávolítva, trónjáról letéve elvergődött az apát földjére, hogy meggyónja bűneit, mialatt a vonakodó pap véresre korbácsolta, amíg meg nem halt. Ez volt a végzete az első és utolsó Welf császárnak.” A braunschweigi katedrálisba temették.