1962. szeptember 27-én született értelmiségi családban Gyöngyösön (Heves megye). Édesapja, dr. Fodor Árpád (1926-2012) előbb bíróként, majd ügyvédként dolgozott, édesanyja, Révfalvi Klára (1925-2017) Gyöngyös Város Tanácsán dolgozott főelőadóként. Testvére, Tamás (1955-) építőmérnök.[3]
1988 és 1989 között a Művelődéskutatási Intézet Közép-európai Kutatócsoportjának a tagja volt. 1989 és 1994 között az ELTE ÁJTK filozófiai tanszéken tanársegédként oktatott. Emellett 1989-től 1990-ig a Soros Alapítványnál dolgozott. Jelenleg a 2019-ben általa alapított Közép-európai Rendszerváltást Kutató Intézet igazgatója. A Bibó István Szakkollégiumban óraadó oktató és mentor.
1990-ben mandátumot szerzett az Országgyűlésbe. 1990 és 1993 között az Emberi jogi, kisebbségi és vallásügyi bizottság elnöke. 1990 és 1992 között a Nemzetbiztonsági bizottság tagja. Ő volt azon kevesek egyike, akik a bizottság tagjaként láthatták a Németh Miklós által Antall Józsefnek átadott ügynöklistát, amelyben az akkori Országgyűlés „érintett” tagjai, illetve közéleti szereplők neve szerepelt.[4]1993-ban a Fidesz konzervatív fordulata miatt[5][6] Fodor Gábor – mások mellett – Ungár Klárával és Molnár Péterrel kilépett a pártból és lemondott országgyűlési képviselői mandátumáról.
SZDSZ
1994-ben a választásokon a Szabad Demokraták Szövetségének felkérésére elindult a gyöngyösi egyéni választókerületben, ahol sikeresen képviselői mandátumot szerzett. Később 1998-ban, 2002-ben és 2006-ban az SZDSZ országos listájáról jutott a parlamentbe.[7] A megalakuló Horn-kormány művelődési és közoktatási minisztereként dolgozott egészen 1996. január 1-jéig. Miniszteri tevékenységéhez kötődik többek között a Nemzeti Alaptanterv bevezetése, a személyi jövedelemadó 1%-ának felajánlásának lehetőségének létrehozása, a felsőoktatási felvételi eltörlése, a számítógépes kultúrának a bevezetése a közoktatásba.[8]1996. január 1-jén lemondott posztjáról és később az Alkotmányügyi és az Alkotmányelőkészítő bizottság tagja lett egészen 1998-ig. 1998-tól az Emberi jogi, kisebbségi és vallásügyi bizottság delegáltjaként tevékenykedett az egész ciklus alatt.[9]
2002-től újra az Alkotmány- és igazságügyi bizottságnak lett tagja, aztán újraválasztását követően 2006-tól pedig ugyan ezen bizottság alelnökeként dolgozott 2009-ig. Továbbá a 2000 évek elejétől az SZDSZ Heves megyei elnökévé választották. Később mandátumot is szerzett a Heves Megyei Közgyűlésben, de arról az alakuló ülésen társai javára lemondott.
2007 januárjában bejelentette, hogy indul az SZDSZ elnöki tisztségéért a márciusi tisztújító kongresszuson. Ellenfele Kóka János volt, aki egy megkérdőjelezett eljárású versenyben legyőzte[10] (377:377 szavazategyenlőség után második, megismételt szavazással 380:367 arányban). A kérdéses eredményt végül több párttag is a bíróságon támadta meg.
Az SZDSZ 2007. április 18-án jelölte Fodort környezetvédelmi és vízügyi miniszternek az addigi tárcavezető, Persányi Miklós helyére. Miniszteri esküjét május 7-én tette le. Egy évvel később a többi SZDSZ-es miniszterrel együtt – az egészségügyi tárca körül kialakuló kormánykoalíciós vita miatt – 2008 áprilisában bejelentette kilépését a kormányból. A rendszerváltás utáni Magyarország legnépszerűbb környezetvédelmi minisztereként és a kormány egyik legelfogadottabb tagjaként távozott a végrehajtó hatalomból.
A bírósági eljárást nem bevárva a 2008. június 7-én tartott rendkívüli tisztújító küldöttgyűlésen 346-344 arányban megválasztották az SZDSZ elnökévé.[11] Fodor egy évig volt a liberális párt elnöke. Hivatali ideje alatt a párton belül folyamatos küzdelmet folytatott a Kóka János személye körül csoportosulókkal és az SZDSZ parlamenti frakciójának többségével.[12] A párt 2009-es EP-választáson nem szerzett mandátumot, emiatt Fodor Gábor bejelentette távozását pártelnöki tisztségéről.[13] Egy hónappal később lemondott a képviselői helyéről is, mivel nem támogatta a kisebbségbe szorult Gyurcsány-kormányt, előrehozott választásokat és az addigi átmeneti időre szakértői kabinetet javasolt.[14]
2019. augusztus 27-én jelentette be, hogy lemond a pártelnöki tisztségéről. Nyilatkozatai szerint nem kívánt az akkori formában kibontakozó ellenzéki összefogásban részt venni.[19]
Jelenleg
2019-ben megalapította a Közép-európai Rendszerváltást Kutató Intézetet, amelyet jelenleg is ő vezet. Az intézet célja, hogy a rendszerváltás korszakát testközelbe hozza a fiatalok számára.