Galíciai eredetű zsidó családban született. Apja, Hermann Kandel a Lemberg melletti Oleszkóban született, az első világháború alatt az osztrák hadseregben harcolt, majd a háború után Bécsben játékboltot nyitott. 1923-ban vette feleségül Eric anyját, a kolomijai származású Charlotte Zimelset. Eric abba az elemi iskolába járt, ahová öt évvel idősebb bátyja, Lewis is.
1938 tavaszán Németország annektálta Ausztriát és megkezdődtek a zsidóüldözések. A Kristályéjszaka során a boltjukat kifosztották. 1939 elején a családnak sikerült Belgiumba menekülnie, majd hajón New Yorkba utaznia, ahol Eric anyai nagyapja fogadta be őket. Hamarosan a saját lábukra álltak, Hermann Kandel előbb egy fogkefegyárban dolgozott, majd ruhaboltot nyitott.
Eric előbb a nagyapjától majd egy brooklyni jesivában részesült vallásos oktatásban. A középiskolát az Erasmus Hall High School-ban végezte. Kandel történésznek készült és 1948-ban sikerült bejutnia a Harvard Egyetemre. Szakdolgozatának témája "Három német író: Carl Zuckmayer, Hans Carossa és Ernst Jünger viszonya a nemzetiszocializmushoz" volt. A Harvardon kezdte el érdekelni a tanulás és az emlékezés pszichológiája, különösen miután megismerkedett egyik csoporttársa, a szintén Bécsből menekült Anna Kris szüleivel, akik Freud pszichoanalízisét gyakorló orvosok voltak. Az ő hatásukra úgy döntött, hogy pszichiáter lesz és 1952-ben beiratkozott a New York-i Egyetem orvosi szakára. Orvosi tanulmányai során kezdett el neurofizológiai kísérleteket végezni és az agy biológiai működését tanulmányozni.
Munkássága
1956-ban megszerezte orvosi doktorátusát, egy évvel később pedig a National Institutes of Health (NIH) idegélettani laboratóriumában kezdett el dolgozni. Miután William Scoville és Brenda Milner leírt egy beteget, aki a hippokampusza eltávolítás után elvesztette emlékezetét, Kandel a hippokampusz piramissejtjeinek elektromos aktivitását kezdte kutatni. Bár érdekes ritmusszabályozó és gátló hatásokra bukkant, a memóriával kapcsolatosan nem sikerült előbbre jutnia. Egyúttal rájött, hogy az akkor alkalmazott módszerekkel nem lehet részletesen felmérni egy olyan rendkívül bonyolult szervet, mint az emberi agy.
1962-ben befejezte pszichiáteri rezidentúráját és párizsi tanulmányútja során rájött, hogy a kaliforniai tengeri nyúl(Aplysia californica) a maga kisszámú és nagy méretű idegsejtjeivel ideális modellszervezet a kutatásaihoz. 1965-ben közzétette első eredményeit, melyben bebizonyította, hogy a tanulás a szinaptikus kapcsolatok változásával jár.
1965-től a New York-i Egyetem élettani és pszichiátriai tanszékének tanára, 1974-től pedig a Columbia Egyetem professzora volt. Kimutatta a tengeri nyúl kopoltyúreflexének habituációját és annak élettani mechanizmusát. 1966-tól munkatársaival elkezdte a tanulás folyamán a neuronban végbemenő biokémiai változások vizsgálatát. 1972-ben bebizonyította, hogy a rövid távú memória kialakulása a ciklikus AMP termelődésével jár együtt. Két évvel később felfedezte, hogy ennek közvetlen kiváltó oka a szerotoninneurotranszmitter sejthez való kapcsolódása. 1980-ban Paul Greengarddal közösen kimutatták, hogy a szerotonin hatását a sejten belül más molekulákat foszforiláló protein-kinázok közvetítik. A 80-as években Kandel laboratóriuma azokat a fehérjéket kutatta, amelyek a rövid távú memóriákat hosszú távúakká változtatják.