Az addig Bizánci Birodalomhoz tartozó Egyiptom 641-re, az Amr ibn al-Ász vezette arab hódítás során került muszlim fennhatóság alá. Az első időkben a „helyesen vezetett”, majd omajjád kalifák helytartói irányították al-Fusztát központtal a tartományt. Az Omajjádokat 750-ben megbuktatták az Abbászidák, akik egy idő urán már nem tudták elég sikeresen egyben tartani a kalifátust, így arról többek között Egyiptom is elveszett számukra a 9. század közepén (Túlúnidák), majd véglegesen a 10. században (Ihsídidák) – igaz, ekkor névleges fennhatóságukat még meg tudták őrizni.
969-ben Egyiptom az imám és kalifa címmel uralkodó iszmáilita síita Fátimidák kezére került. Ők alapították meg Egyiptom új központját, az azóta fővárosként szolgáló Kairót (al-Káhira). 1171-ben a szunnita Szaláh ad-Dín, azaz Szaladin letette az utolsó, megrendült hatalmú fátimida kalifát, és szultánként elfoglalta a trónt. Az általa alapított ajjúbida dinasztia az 1250-es években megbukott, és egy nem dinasztikus alapon szerveződő szultánság jött létre a mamlúkok vezetésével, akik a szír térséget is tartósan ellenőrzésük alatt tartották.
A Mamlúk Birodalom központjául szolgáló Egyiptom az 1517-es oszmán hódításig független, majd a birodalmon belül autonóm – a 19. századra kvázi-független, részben britek ellenőrizte – státuszt élvezett, Muhammad Alitól származó pasái 1805–1914 között khedive címmel uralkodtak. Az első világháborúban Egyiptom ténylegesen is függetlenedett Isztambultól, és 1914–1922 között ismét szultáni, majd pedig 1922-től a monarchia 1953. június 18-án történő megbuktatásáig királyi című uralkodók irányították.
Története során mindvégig a Masrik (a hagyományos muszlim Kelet) legjelentősebb hatalmi és gazdasági erejű területei közé tartozott.
Az alábbi dinasztiák névlegesen az Abbászida Kalifátus függésében uralták Egyiptomot, a gyakorlatban azonban független államokat építettek ki.
A dinasztia függetlenedésére a szamarrai anarchia néven ismert, a kalifátus időleges széteséséhez vezető káosz adott módot.
Az ideiglenesen megerősödő Abbászidák helyreállították közvetlen uralmukat Egyiptomban.
Az Abbászidák hatalmának teljes összeomlásával párhuzamosan szerzett hatalmat a dinasztiaalapító.
A fátimida hódítással Egyiptom kikerült a névleg Abbászida Birodalomhoz tartozó szunnita államok köréből.
Az iszmáilita síita Fátimidák magukat tekintették az iszlám világ legitim urainak, imámoknak, az Abbászidákat pedig illegitim bitorlóknak tartották. 909-től uralkodtak Észak-Afrika nagy része felett, Egyiptomot csak negyedik próbálkozásukra tudták elfoglalni 969-ben.
A dinasztikus problémák miatt megrendült legitimitású, a rivalizáló vezírek mellett tényleges hatalmat jó ideje nem gyakorló, keresztes támadásoknak kitett Fátimidák az 1160-as években az észak-szíriai és felső-mezopotámiai területeket uraló, szunnita Zangidák befolyása alá kerültek. Az utolsó két vezír ez utóbbiak hadvezére volt: a második, Szaladin 1171-re végleg felszámolta a fátimida uralmat.
Szaladin 1174-ig a zangida Núr ad-Dín Mahmúd megbízottjaként tevékenykedett, annak halálakor viszont önállósodott és rövid úton részben meghódította, részben befolyása alá vonta a zangida területeket, önálló szultánságot kialakítva Egyiptomban, a szíriai és felső-mezopotámiai térségben pedig alárendelt fejedelemségeket hozott létre rokonai számára. A szunnita dinasztia legitimitását az abbászida kalifától kapott kinevezés biztosította.
Az Ajjúbidák bukásához dinasztikus küzdelmek, a saját mamlúkseregük túlzott megerősödése, illetve a keresztesek és a mongolok támadása vezetett. A hatalom a rabszolgából katonákká képzett mamlúkok kezébe került.
A oszmán törökök 1517-ben meghódították a Mamlúk Birodalmat. Innentől kezdve a Nílus völgye a török szultán befolyása alá tartozott, helytartóit Isztambulból nevezték ki. A birodalom válságával párhuzamosan a tényleges oszmán befolyás a 17. század végére elenyészett a térségben. Ha továbbra is voltak kinevezett helytartók, a tartomány vezetése a gyakorlatban a mamlúk eredetű, rivalizáló előkelőségek kezébe került.
1798–1801 között Napoléon Bonaparte tábornok csapatai szállták meg Egyiptomot, megrendítve a mamlúk elit hatalmát. Az Oszmán Birodalom megpróbálta helyreállítani uralmát Egyiptomban, de a tartomány megtartásához nem volt elég ereje, így 1805-től a hatalom az új, albán származású helytartócsalád kezébe került. Muhammad Ali Pasa végleg kiirtotta a korábbi mamlúk vezetést, és az oszmánokkal eleinte együttműködve, majd ellenük harcolva örökletessé tette a kormányzóságát. Egyiptom 1882-ben brit megszállás alá került, de a Muhammad Ali-dinasztia megőrizte a trónját, és Egyiptom jogi értelemben 1914 decemberéig az Oszmán Birodalom tartományát képezte, amikor az Egyesült Királyság egyoldalúan kinyilvánította Egyiptom elszakadását a szultánságtól, és mint „önálló államot”, saját protektorátusává tette.